民國二十四年(1935)，設立萬縣專區。該機構位於萬縣市。
1950年仍設萬縣專區，屬川東行政區。萬縣機構仍設在萬縣市，轄萬縣(在沙河)、開縣、城口(在復興鎮)、巫溪、雲陽、奉節、巫山、忠縣。
1952萬縣區屬於四川省領導。原屬川東行署直接管轄的萬縣市，劃歸萬縣署領導。轄1市8縣。1953，萬縣市改為省轄市，委托萬縣負責。屬於原大竹地區的梁平縣劃入萬縣地區。轄1市9縣。
1970萬縣地區更名為萬縣地區，位於萬縣市。轄萬縣市及萬縣(在沙河)、開縣、城口(在復興鎮)、巫溪、巫山、奉節、雲陽、忠縣、梁平。
1992 65438+2月11、國務院批準撤銷萬縣地區、萬縣市、萬縣縣，設立萬縣市(地級)，轄萬縣地區8個縣，即開縣、忠縣、梁平、雲陽、奉節、巫山、巫溪、城口。萬縣市新設龍寶區、天成區、吳橋區三個市轄區。龍寶區萬縣市人民政府高筍塘。
1997 12.20，撤銷萬縣市，設立重慶市萬縣移民開發區、萬縣區，龍寶區、天成區、吳橋區改為龍寶管委會、天成管委會、吳橋管委會。萬縣區轄龍寶、天成、吳橋三個管委會。萬縣移民開發區受重慶市委市政府委托，管理開縣、忠縣、雲陽、奉節縣、巫山、巫溪縣。
1998年5月22日萬縣區更名為萬州區，萬縣移民開發區更名為萬州移民開發區。萬州區轄龍寶管委會、吳橋管委會、天成管委會。
2000年6月25日，重慶萬州移民開發區撤銷，原萬州移民開發區管理的奉節縣、開縣、雲陽、忠縣、巫溪、巫山縣直接歸重慶市管轄。龍寶管委會、吳橋管委會、天城管委會更名為龍寶移民開發區、吳橋移民開發區、天城移民開發區，隸屬萬州區。
2005年4月，重慶市委市政府決定撤銷龍堡、天城、吳橋移民開發區，萬州區直管鎮街，轄14個鄉鎮，28個鎮，11個街道辦事處。至今沒有改變。