1997年，武隆縣轄10鎮26鄉，縣政府駐巷口鎮。 2000年，武隆縣轄巷口、桐梓、火爐、江口、羊角、土坎、白馬、長壩、鴨江、平橋10個鎮；後坪、魚子、接龍、土地、白果、核桃、泡溝、石橋、賈角山、浩口、文復、黃草、中嘴、黃鶯、龍洞、車盤、碑埡、木根、雙河、白雲、鐵礦、東山、趙家、鳳來、廟埡、和順、興順、龍壩、石峰、天星、廣楊、蒲板、青吉、茶園、送月、中溪36個鄉。
2002年4月，撤銷白果鄉，並將巷口鎮的荊竹村、楊柳村、茶坪村、土坎鎮的四合村、和順村，雙河鄉的仙女村***6個村劃出設立仙女山鎮。武隆縣轄11個鎮、35個鄉，21個居委會、427個村委會。
2003年12月，重慶市人民政府批復同意武隆縣將11個鎮、35個鄉調整為11個鎮、15個鄉。
2007年末，武隆縣轄26個鄉鎮：巷口鎮、白馬鎮、江口鎮、仙女山鎮、鴨江鎮、平橋鎮、長壩鎮、羊角鎮、土坎鎮、火爐鎮、桐梓鎮、黃鶯鄉、廟埡鄉、鳳來鄉、和順鄉、趙家鄉、白雲鄉、鐵礦鄉、雙河鄉、石橋鄉、文復鄉、浩口鄉、滄溝鄉、後坪鄉、接龍鄉、土地鄉，187個行政村，縣城所在地為巷口鎮。
2009年，撤銷和順鄉，設立和順鎮；撤銷石橋、文復、後坪、浩口四鄉，分別改為石橋苗族土家族鄉、文復苗族土家族鄉、後坪苗族土家族鄉、浩口苗族仡佬族鄉。
截止到2013年，武隆縣幅員面積2901.3平方公裏，轄26個鄉鎮：巷口鎮、火爐鎮、白馬鎮、江口鎮、仙女山鎮、鴨江鎮、羊角鎮、長壩鎮、平橋鎮、桐梓鎮、土坎鎮、和順鎮、鳳來鄉、廟埡鄉、石橋鄉、雙河鄉、黃鶯鄉、滄溝鄉、文復鄉、土地鄉、白雲鄉、後坪鄉、浩口鄉、接龍鄉、趙家鄉、鐵礦鄉，187個行政村，縣城所在地為巷口鎮。
巷口鎮
巷口鎮位於武隆縣中部偏南，為縣城所在地。幅員面積276.1平方千米。轄21個行政村和8個社區，有170個村民小組和35個居民小組。川湘公路橫貫其中。
火爐鎮
火爐鎮位於武隆縣東北部，距縣城30千米。幅員面積179.6平方千米。轄14個行政村和1個社區，有112個農業社和2個居民小組。中桐公路過境。
白馬鎮
白馬鎮位於武隆縣西北部，距縣城24千米。幅員面積221.7平方千米。轄10個行政村和4個社區。是武隆縣工業重鎮、移民大鎮，也是市級中心鎮之壹，國家小城鎮建設試點鎮。處於烏江港口和（川湘）國道、涪（陵）白（馬）公路交會處。
江口鎮
江口鎮位於武隆縣東部，距縣城17千米。幅員面積138.5平方千米。轄8個行政村和2個社區。渝懷鐵路、319（川湘）國道貫境。
仙女山鎮
仙女山鎮位於武隆縣中北部，距縣城20千米。幅員面積278平方千米。轄22個行政村。景點有仙女山國家森林公園、天生三橋、龍水峽地縫等。
鴨江鎮
鴨江鎮位於武隆縣西北部，距縣城56千米。幅員面積120.7平方千米。轄9個行政村和1個社區。
羊角鎮
羊角鎮位於武隆縣西北部，距縣城14千米。幅員面積110平方千米。轄10個行政村和1個社區。渝懷鐵路、319（川湘）國道貫境。
長壩鎮
長壩鎮位於武隆縣西部，距縣城38千米。幅員面積104.4平方千米。轄9個行政村和1個社區。319（川湘）國道貫境。
平橋鎮
平橋鎮位於武隆縣西部，距縣城69千米。幅員面積73.4平方千米。轄8個行政村和1個社區。南涪鐵路、省道石（柱）雷（神廟）公路以及渝湘高速公路過境。
桐梓鎮
桐梓鎮位於武隆縣東北部，距縣城80千米。幅員面積100.8平方千米。轄6個行政村和1個社區。有重晶石、瑩石等礦產資源。
土坎鎮
土坎鎮位於武隆縣中部，距縣城8千米。幅員面積41.3平方千米。轄5個行政村和1個社區。渝懷鐵路、319國道、烏江黃金水線貫境。
和順鎮
和順鎮位於武隆縣西北部，距縣城84千米。幅員面積103.2平方千米。轄9個行政村和1個社區。
鳳來鄉
鳳來鄉位於武隆縣最西部，距縣城80余千米。幅員面積52平方千米。轄6個行政村。旅遊資源主要有大石箐寺廟群、四眼坪萬畝竹海等。
廟埡鄉
廟埡鄉位於武隆縣西北部，距縣城123千米。幅員面積35.9平方千米。轄9個行政村。屬純農業鄉之壹。
黃鶯鄉
黃鶯鄉位於武隆縣南部，距縣城16千米。幅員面積149.3平方千米。轄轄6個行政村和1個社區。 有白馬山、鷹嘴巖、天星寨、七星吊鬥、九落氹十三丫、七門洞峽谷、黃泊渡等生態景觀資源。
趙家鄉
趙家鄉位於武隆縣西南，距縣城50千米。幅員面積60.2平方千米。轄2個行政村 。
白雲鄉
白雲鄉位於武隆縣西部，距縣城57千米。幅員面積40.5平方千米。轄4個行政村。以境內白雲山命名。
鐵礦鄉
鐵礦鄉位於武隆縣西南部，距縣城70千米。幅員面積62.7平方千米。轄3個行政村。礦產資源豐富，有鐵礦、鋁土礦、煤、石棉礦、大理石礦等。
雙河鄉
雙河鄉地處武隆縣北部，距縣城47千米。幅員面積227.8平方千米。轄8個行政村。 武（隆）豐（都）公路貫境。
滄溝鄉
滄溝鄉位於武隆縣東北部，距縣城56千米。幅員面積73平方千米。轄5個行政村 。
接龍鄉
接龍鄉位於武隆縣東北部，距縣城81千米。幅員面積114.4平方千米。轄3個行政村。為大仙女山環線鄉村旅遊示範帶鄉鎮。
土地鄉
土地鄉位於武隆縣東北部，距縣城59千米。幅員面積75.8平方千米。轄4個行政村。是典型的農業鄉 。
石橋苗族土家族鄉
石橋苗族土家族鄉位於武隆縣東南部，距縣城38千米。幅員面積102.7平方千米。轄6個行政村和1個社區。 屬縣旅遊開發重點鄉鎮。
文復苗族土家族鄉
文復鄉位於武隆縣東部，距縣城35千米。幅員面積109.9平方千米。轄6個行政村。
後坪苗族土家族鄉
後坪苗族土家族鄉位於武隆縣東北角，距縣城108千米。幅員面積87.3平方千米。轄6個行政村 。
浩口苗族仡佬族鄉
浩口苗族仡佬族鄉位於武隆縣東南角，距縣城40千米。幅員面積84.5平方千米。轄6個行政村。有朱子溪、石墻、紅軍渡、化石峽谷等豐富的旅遊資源，楊梅、老蔭茶等土特產品和豐富的鋁土礦。