明初昆明平定後，朱元璋就按照內地的行政制度，設置了雲南布政使司，司府設在昆明。明代還把中慶路改為雲南府，府治設在昆明城裏，又稱雲南府城。
為穩定在雲南的統治，明朝廷實行了雲南歷史上規模最大的移民。最早的移民是明朝征滇的30萬大軍，後來這些軍人大多留在雲南，參加屯墾。雲南平定之後，沐英又回朝帶回了250萬移民，後來沐英的兒子沐春又移來30萬南京人，加上當時征調來屯戍雲南的軍民，沐春移民不下50萬。如果扣除這些數字中的水分，減去來雲南途中的死亡流散人口，再加上充軍流放到雲南的人數，有學者估計明初遷入雲南的漢族大約為120萬，而當時雲南的總人口不過200多萬。直到元末，雲南還是壹個以少數民族為主的邊疆省，明初朱元璋大規模移民之後，這種情況才出現了變化。
當時的昆明叫雲南府城，是全省政治、經濟、軍事和文化中心，沐英壹家世代在此鎮守。府城和府城附近，都是沐英駐軍布防的重點。移民來到雲南，沐英又多把他們留在昆明。所以此後幾百年間，昆明的漢族甚至還有壹些少數民族都說自己的祖先是南京柳樹灣人。由於昆明的南京籍人太多，被稱為“小南京”。直到清末，人們還能在昆明找到不少南京市井習俗。