關於美洲原住民的起源，現時有三種說法：
其壹，多數學者認為，美洲印第安人是在大約 25400年前分多批從西伯利亞經白令海峽到達阿拉斯加，逐步向南遷徙，壹直抵達美洲最南端，散布於整個美洲。
其二，有近年研究顯示，南美洲和中美洲有不少年代久遠的骸骨被發現，這些骸骨的年代比北美洲所發現過最古老的骸骨更長久，而且體格與東南亞的爪哇人種更相似，所以有人認為最早的原住民可能是透過海路，自東南亞通過南太平洋不同的海路到達中、南美洲，然後再散布到全境。
其三，也是現在逐漸風行的說法，綜合了以上兩種說法，認為北美洲以及部分中、南美洲的原住民是通過白令海峽陸橋遷居到美洲的北亞居民後裔，而其他的中、南美洲的原住民則有可能是自太平洋諸島遷居而來的馬來人後裔。