先回答樓主問題：宗教在近代歐洲早期歷史中所扮演的角色，基本上就是反面典型、大魔王boss之類的。。。最常被說起的史實就是宗教裁判所，大量的“女巫”冤案，燒死布魯諾，宗教戰爭，販賣贖罪券，迫害伽利略等日心說支持者，與進化論激烈的交鋒等等。
基督教會在近代的影響，歐洲以內：西方史學壹般以文藝復興作為近代史的開端。而“文藝復興”正是要沖破宗教的束縛，復興古希臘和羅馬***和國時代尊崇理性實證、開放包容的風氣。因此歐洲近代史從壹開始就將基督教作為時代進步的對立面來看待的。
在自然科學方面，近代史可以說就是日心說、進化論為代表的理性科學同“唯信聖經”的宗教之間的鬥爭；人文領域，則是各種新教思潮以及順應科學發展而來的自然神論、不可知論甚至無神論對正統天主教的沖擊，人本主義思想和神本主義的碰撞；政治上，各國強化中央集權，君主權利侵蝕教會權利，英王亨利八世甚至另立教會，公開否認羅馬的權威。
由於科學的進步，以及天主教會舉措失當，其壹些頑固主張壹再被實踐否定，致使公信力日趨下降，結果就是思想上科學、人本主義擊敗宗教占據主導地位，多元化戰勝壹元；政治上，教會要麽淪為統治者附庸，要麽被邊緣化，再也沒有中世紀時代壹言九鼎，甚至罷廢國王的實力了。
另外，現今西方國家較高的基督徒比率，是二戰之後，由於兩次大戰對人們的精神沖擊和宗教的自我革新而形成的，應該算到現代史。近代史末期（上世紀初）是基督教勢力空前衰弱的時代。
在歐洲以外，個人以為應該是功過各半。壹方面基督教為西方近代科學、醫學、教育的傳播功不可沒。壹些地方教會為貧苦當地人提供免費的救濟、醫療和教育。現在中國的很多有歷史的學校都曾經是教會學校。但另壹方面，對於壹些比較弱勢的文化，比如美洲，基督教的傳播無疑阻礙甚至摧毀了其原本的文化。寶貴的瑪雅文獻，就是被傳教士付之壹炬的。
在中國和印度這種傳統文化強大的地方，基督教起的好作用要遠遠大過壞作用，因為它只能傳播文明，卻無力毀壞本地文化。在這壹點上，印度的例子非常明顯。盡管歷史上淪為英國的殖民地，至今英語還是官方語言，可是卻幾乎沒有基督教的插針之地。
傳教與殖民之間的關系，也是隨著教會實力而變的。早期侵略美洲時，基督教仍然有很大權威，尤其當時西班牙統治者是狂熱的信徒，因此傳教士在美洲殖民時與其說是殖民工具，還不如說是殖民者的領導。而到了後期，教會勢力日趨下滑，世界頭號強國大英帝國又有自己的國教會，君主直接可以任免主教，因此傳教在殖民活動中的影響越來越小。統治信仰原始的民族，姑且還用基督教。而像印度這種，本土宗教勢力強大的地方，英國政府更願意與印度婆羅門合作，而不是強行推廣基督教激化矛盾。應該說，這時候基督教才徹底淪為工具，而且是想用就用，不想用就可以丟的工具。所以在殖民時代晚期，由於在政治上被邊緣化，基督教各派都把主要精力放在了其社會服務的功能上，對各殖民地和半殖民地都起了壹些好作用。
至於近代史上的壹些教案，仔細了解壹下就能分出是非。比如天津教案，無知愚民聽信謠言，說教會下屬的福利組織挖取小孩的心肝做藥引...西方人知道什麽叫“藥引”？人家只是收容安葬被棄街頭的病患兒童罷了。由於這些兒童被收容時已經奄奄壹息，或身患重病，所以才會死亡率高。