1998年長江發生了自1954年以來的又壹次全流域性大洪水。從6月中旬起，因洞庭湖、鄱陽湖連降暴雨、大暴雨使長江流量迅速增加。受上遊來水和潮汛***同影響，我省沿江潮位自6月25日起全線超過警戒水位。南京站高潮位7月6日達9.90米。沿江蘇南地區自6月24日入梅至7月6日出梅。由於沿江潮位高，內河排水受阻，形成外洪內澇的嚴峻局面。秦淮河東山站最高水位10.28米，居歷史第三位；滁河曉橋站最高水位達11.29米，超出警戒水位1.79米。
7月下旬至9月中旬初，受長江上遊幹流連續7次洪峰及中遊支流匯流疊加影響，大通站流量8月2日最大達82300立方米每秒，僅次於1954年洪峰流量，為歷史第二位。南京站7月29日出現最高潮位10.14米，居歷史第二位，在10.0米以上持續17天之久。鎮江站8月24日出現8.37米的高潮位，僅比1954年低1厘米，居歷史第三位。
1998年長江發生了繼1954年以來又壹次全流域性的大洪水。這場洪水雖已過去,但各種議論紛至沓來,更有甚者將其歸於“人禍”。從科學的角度來分析,雖然這場洪水量級大、涉及範圍廣、持續時間長、洪澇災害嚴重,但造成的損失比1931年和1954年要小得多。
經分析，長江發生1998年大洪水主要是氣候異常、暴雨過大、河湖調蓄能力下降、削峰作用降低及水位擡高等原因造成的。荊江以下最大洪峰流量和最大60d洪量對比表明,1998年洪水總體上小於1954年，在本世紀已發生的3次全流域性大洪水(1931、1954、1998年)中列第2位。
1998年長江中下遊洪水位大大超過了1954年的實測水位,高洪水位形成的主要原因：①1998年分蓄洪量與1954年相比大量減小，1954年長江中下遊分洪潰口總量達1023億m3,而1998年只有100億m3；②湖泊調蓄能力降低,建國以來，長江中下遊通江湖泊面積減少約1萬km2,洞庭湖、鄱陽湖因淤積圍墾減少容積180億m3以上。在黨中央、國務院的正確領導下，經各級政府和廣大軍民全力搶險，奪取了1998年抗洪鬥爭的全面勝利。總結經驗主要有：汛前準備充分；統壹指揮、決策正確;軍民聯防,全力搶險；水庫調度，科學搶險；依法防洪,嚴格執法。災後反思，應抓緊做好以下工作：加高加固堤防，消除堤身隱患;加強河道整治，保持行洪暢通；建好分蓄洪區；做好平垸行洪，退田還湖，移民建鎮；抓緊建設防洪水庫；加強長江上中遊的水土保持；提高防洪現代化技術。
1998年夏季，中國南方罕見的多雨。持續不斷的大雨以逼人的氣勢鋪天蓋地地壓向長江，使長江無須臾喘息之機地經歷了自1954年以來最大的洪水。洪水壹瀉千裏，幾乎全流域泛濫。加上東北的松花江、嫩江泛濫，中國全國包括受災最重的江西、湖南、湖北、黑龍江四省，***有29個省、市、自治區都遭受了這場無妄之災，受災人數上億，近500萬所房屋倒塌，2000多萬公頃土地被淹，經濟損失達1600多億元人民幣。
長江洪水泛濫是長江流域森林亂砍濫伐造成的水土流失，中下遊圍湖造田、亂占河道帶來的直接後果。長江兩岸有4億人口居住，50年代中期，長江上遊森林覆蓋率為22％，由於不斷進行的農地開墾、建廠和城市化，使兩岸80％的森林被砍伐殆盡。四川省193個縣中，森林覆蓋面積超過30％以上的僅有12個縣，壹些縣的森林覆蓋面積還不到3％。為此，長江流域180萬平方公裏土地中，有20％發生水土流失，每年喪失表土24億噸，每年從上遊攜帶下來5億噸以上的土砂順著長江流入了東海。由於年復壹年的土砂淤積，長江的河床從多年前開始就已高出了地面，成為繼黃河之後的又壹條“懸河”。長江的“碧水”早已蕩然無存，其“渾黃”程度可以和黃河“媲美”。另壹方面，長江中下遊有蓄洪功能的湖泊則在迅速地萎縮著，洞庭湖水域面積從1949年的4350平方公裏縮減到2145平方公裏，鄱陽湖在40年間縮小了1／5，還有數百個中小湖泊已經永遠地從地圖上消失了。這壹切都是長江洪水泛濫的原因。
除此之外，這次的洪魔肆虐和1997年爆發的百年來最強的厄爾尼諾現象也有密切的關聯。厄爾尼諾的強大暖濕空氣帶來了強降水，造成長江流域洪峰不斷。緊隨著厄爾尼諾來的拉尼娜現象又使應當按期北移的副熱帶高壓突然殺了個“回馬槍”，使壹度相對緩解的長江幹流汛情再度緊張起來，以致長江全線告急。長江洪水泛濫和地球溫暖化之間的密切關聯使專家們不無擔心——如果大氣中的二氧化碳（CO2）濃度增加壹倍的話，地球上的降水量將增加 3％—15％，大雨和洪水的增加與地球溫暖化狀況是並行進展的。
1998年的長江洪水無疑在向人們示警：長江流域的生態環境已危機四伏，它隨時可以給人們帶來新的巨大災難。