1941年太平洋戰爭爆發，日本海軍突襲珍珠港後，南下進攻東南亞。戰後第三天，日本打敗了被稱為不沈之船的英國新戰列艦威爾士親王號和巡洋艦擊退號，英國海軍艦隊遭受毀滅性打擊。在東南亞戰場上，澳大利亞第8陸軍師參加了保衛馬來亞和新加坡的戰鬥。但由於盟軍分散了註意力，失去了海空的保護，最終被山下豐臣指揮的日軍第25軍擊敗。1942年2月新加坡淪陷，澳大利亞第8師團15000多名官兵成為日本戰俘。
新加坡淪陷前後，日軍殺害澳大利亞護士。1942年2月，壹支護士隊隨澳大利亞陸軍第八軍團抵達馬來亞。新加坡淪陷前，他們分成兩組撤離。2月11日，壹群人登上了帝國之星。經過日本轟炸機的反復轟炸，他們到達了巴德利亞，最後回到了澳大利亞。2月12日早上6點，另壹艘載有65名護士的船登上了維納布魯克號。2月14日下午，由於日軍轟炸，該船不到半小時就在蘇門答臘島東南沿海沈沒。船上的壹些護士和大部分平民都葬身魚腹。雖然53人盡了最大努力遊到了附近的班卡島，但日軍還是用機槍無情地射殺了21名已經上岸的幸存者。其余32人成為日軍戰俘，開始了長達3年半的集中營生活。其中八人在拘留期間死亡。
在馬來亞和新加坡投降的日軍士兵被關押在樟宜戰俘營，這裏原本是盟軍的堡壘。樟宜戰俘營是二戰期間日軍在馬來半島建立的最大戰俘營。其主要作用是充當日軍的勞動力中轉站。樟宜戰俘營的戰俘大多被日軍強迫勞動，且大多參與了滇泰死亡鐵路的建設，死亡率極高。
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1942年6月至1943年10月，盟軍戰俘從新加坡樟宜出發，被轉移到泰緬鐵路建設工地。每次出發時，日本警衛都會告訴盟軍戰俘，他們將被送到北部山區的壹個好地方，與其他盟軍士兵會合，並在那裏好好休息。但接下來的十天，我們要走幾百裏山路，最終到達叢林中的營地。第二天早上，他們被趕到工地，幫助日本人修建鐵路。
泰緬鐵路曾被稱為“死亡鐵路”，其目的是通過泰國從馬來半島向占領緬甸的日軍輸送援軍和物資。根據崎嶇的山地地形，日本工程師估計這條鐵路至少需要5年才能完工，但日軍強迫6萬多名盟軍戰俘和30多萬亞洲勞工從事密集勞動，最終在18個月內完工。電影桂河大橋讓二戰期間日軍強征戰俘修建泰緬鐵路的殘暴行徑廣為人知，而這些戰俘中有不少來自澳大利亞。樟宜的戰俘中有壹位澳大利亞中校，名叫愛德華“疲倦”鄧洛普。鄧洛普於1941年底前往印度尼西亞萬隆管理壹所後方醫院。他有機會逃脫日本人的追捕，但他堅持和傷員呆在壹起。
根據鄧洛普的日記，所謂的鐵路工地簡直就是人間地獄。疾病肆虐，守衛殘酷，食物匱乏，即使是年輕人，幾天後也會變得骨瘦如柴，看起來像骷髏。日本和韓國的警衛殘酷地強迫赤身裸體、雙目失明、體弱多病的活僵屍在叢林中無休止地工作。日本人的殘忍令人發指。二戰中，盟軍在德國戰俘營的死亡率是4%，但在日本戰俘營的死亡率是29%。三
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泰緬鐵路的情況更糟糕。***有12000名盟軍戰俘死在這裏，其中29%是英國戰俘，69%是澳大利亞人。許多人死於霍亂、痢疾、瘧疾和瘴氣，大多數人死於營養不良，實際上是餓死的。戰俘每天只給兩碗飯，這使他們容易患各種熱帶疾病。日本人還帶進了大量亞洲勞工，他們的命運同樣悲慘。鐵路建成時，多達5500人死亡，其中包括2650名澳大利亞人。幾乎每個睡覺的人都有壹具屍體。
1943年秋，參與修建緬泰死亡鐵路的戰俘回到樟宜戰俘營，隨後於1944年5月將所有戰俘轉移到樟宜監獄。最終，他們在樟宜監獄被解放。在樟宜戰俘營的盟軍戰俘中，英軍死亡率為26%，美軍為33%，澳大利亞戰俘更是高達36%。澳大利亞戰爭紀念館裏有壹張極其震撼的照片。照片中，澳大利亞戰俘瑞安塞韋裏被蒙住雙眼，跪在地上，旁邊站著壹名日本軍官，高舉軍刀，砍下戰俘的頭顱。塞弗裏特於1941年自願參軍。他的家人直到1946年才知道他的死訊，他的屍骨也無處可尋。
澳大利亞戰俘死亡率最高的是山打根戰俘營。當時有2000多名澳大利亞和英國士兵被囚禁在這裏，他們經常被毆打，挨餓，並努力工作，使他們生病和虛弱。1945年初，在盟軍即將進攻山打根的時候，日軍強迫山打根戰俘營的1577名戰俘徒步250公裏穿越叢林到達拉瑙。超過壹半的戰俘死在途中，其他人在6個月內死於疾病、饑餓或暴力，只有6人在途中逃脫。當然，留在戰俘營的老弱病殘無壹幸免。
類似的暴行還有很多，澳大利亞的審判揭露了幾起最嚴重的罪行。在新幾內亞的法庭上，壹名日本軍官被指控食人。他吃了壹個澳大利亞戰俘的肉。戰犯被絞死了。在另壹個法庭上，壹名日本男子被指控在西裏伯島將四名飛行員釘死在十字架上，他也被處以絞刑。1943年12月，日本海軍警衛隊第83旅的指揮官少將田村隆下令處決了巴布亞新幾內亞卡文集中營的23名澳大利亞平民。少尉塔羅王越和其他人負責處決，淹死了23名平民。戰後，澳大利亞軍事法庭判處田村孝壹死刑，其他5名相關戰犯被判處4年至20年不等的有期徒刑。
二戰期間，3萬多名澳大利亞士兵淪為戰俘，其中2.2萬人被日軍俘虜，只有1.4萬人在1945年活著回到澳大利亞。戰後，飽受戰爭之苦的澳大利亞，為了防止日本再次崛起，對亞太地區國家造成傷害，主張對日本進行嚴厲制裁。
其中，作為對日軍戰時暴行的懲罰，澳大利亞對日本戰犯進行了嚴厲審判。澳大利亞除了參與遠東國際軍事法庭對日本甲級戰犯的審判外，還在納閩島、威瓦克島、莫羅泰島、達爾文島、拉包爾島、新加坡、香港和馬努斯島設立軍事法庭審判日本戰犯。據日本法務大臣戰後統計，澳大利亞軍事法庭審理了294起日本戰犯案件，涉及949人，其中153人被判死刑，38人被判無期徒刑，455人被判有期徒刑。