加強宣傳教育，提高保護三江源區生態環境的自覺性。三江源區生態環境保護的主體力量是當地廣大牧民群眾。當地牧民群眾的生態環境意識將決定他們的行為，要廣泛深入宣傳三江源區生態環境惡化的危害性和改善生態環境對促進藏區經濟社會發展的重要性，通過宣傳使廣大牧民群眾認清目前三江源區生態環境所面臨的窘境，從而增強全民保護生態環境的意識，增強保護生態環境的自覺性。
堅持以人為本，大力實施重點地區小流域綜合治理。三江源區水土流失有其自身特點，在大面積的風蝕、水蝕、沙化和凍蝕的同時，壹些城鎮和居民區山洪和泥石流較為嚴重，曾給人民群眾的生命財產造成嚴重損失，影響社會穩定和經濟發展。因此，在城鎮和居民區周邊地區實施以小流域為單元，生物措施和工程措施相結合、治溝工程和治坡工程相結合的水土保持綜合治理十分必要。通過水土保持綜合治理措施的實施，使流域水保生態環境得到有效保護，村鎮防洪能力進壹步提高，基本遏止洪災的發生，使當地群眾生產條件、生活水平進壹步提高，人居環境進壹步改善。
以法律為保障，強化水土保持和水資源保護。進壹步強化水土保持監督檢查和水資源保護與管理，堅持“預防為主、保護優先”的原則，禁止濫砍濫伐、亂開亂挖、超載過牧。加大對源區各縣水保水資源工作人員進行水保水資源的法律法規及業務知識培訓力度，使這些人員的業務素質和政策法律水平得到進壹步提高，以保證工作的正常開展。不斷完善地方性水保水資源的法規體系建設，加強源區水土保持監督和水資源保護執法隊伍建設，加大執法力度，規範執法管理，強化依法服務、依法管理、依法行政的職能，堅持水土保持方案報告制度和水資源項目論證制度，切實防止開發建設項目造成的生態環境破壞。加大對開發建設項目的監督檢查，督促建設單位切實做好水土保持和水資源工程的安全施工，及時消除攔渣壩、攔渣庫存在的安全隱患，確保項目區人民群眾生命財產安全。
尊重自然規律，堅持生態的自然修復與人工輔助相結合。三江源眾多的生態系統，其重要性和復雜性目前還未能被我們全部認識和掌握。三江源區脆弱的生態環境和難以恢復的原生態決定了三江源生態恢復必須按照自然修復為主，人工治理為輔的原則進行。在大區域要加強封育管護，充分依靠大自然的力量，以生態修復為主，采取封禁管護、圍欄封育、劃區輪牧、退耕還林(草)等生態修復措施，對於局部地區的疏林地、輕度退化草地、黑土灘和撂荒地，要分類調查研究，根據當地自然條件，采取灌溉、涵養水源、人工種草、種樹等水土保持治理措施，加速生態自我修復的進程。
加強水資源監測與保護，保證水量充沛水質良好。利用現有的水文站，與三江源生態保護與治理工程緊密結合，以小流域監測為主，監測方法以巡測為主，不斷加強水資源監測，對水資源進行客觀、科學、系統評價和實用性評價，為水資源的保護和可持續利用提供有價值的依據。加強“三江源”水功能區管理。嚴格按照各自的功能要求劃分禁止開發區域、限制開發區域，明確不同區域經濟社會發展和生態保護建設的重點和要求，促進經濟社會和人口資源環境相協調。加強水土保持和水資源環境監測，通過監測成果分析，得出科學數據，以便指導和完善水土保持和水資源開發利用的正確實施，使投資效益最大化。建立三江源區建設和監管的有效機制，建立三江源地區草原、水資源、森林生態補償制度，從政策、資金、管理職能、政府考核指標等方面完善三江源區水生態保護和建設的有效機制。