在15世紀前中國與現在的印度尼西亞很少有直接的聯系。中國和印度尼西亞群島的貿易掌握在印度尼西亞人手裏。中國商船的標準名稱,junk,來源於爪哇語,jong[有爭議]。jong在爪哇語中用來描述那些從中國南部長途跋涉到東南亞的商船。中國的史料中有僧人法顯在5世紀經過這壹地區去印度的記載。唐朝時也壹度與印度尼西亞王國有頻繁的聯系。
有諷刺意味的是，中國人是爪哇最早的伊斯蘭傳教士，但是現在的大多數印尼華人卻不是穆斯林。有壹種理論認為，在15世紀的時候，是鄭和等中國商船將伊斯蘭教帶入印尼。另外壹種理論認為，是印度人將伊斯蘭教帶到了馬來半島和印度尼西亞群島。 荷蘭人的寵愛
最早的華人移民潮發生在荷蘭殖民的早中期，大多數都是尋找商機的商販。
華人與印尼原住民的關系直到今天都還是問題重重。壹些評論者認為這可以追溯到荷蘭殖民時期。當時荷蘭人的殖民政策偏愛華人，因此華人在這壹地區建立了經濟上的主導地位。
荷蘭人建立的社會等級制度使得華人很難與當地原住民融合。因為華人和阿拉伯裔是社會的第二等級，土著是社會的最底層，歐洲人位於社會的最高等級。荷蘭人是選擇性的優待某個少數民族或宗教而達到其破壞原有社會體制策略的發明者。華人成為他們殖民統治的道具，成為緩沖其與原住民矛盾的緩沖器。(法國人和英國人後來采用了同樣的策略，他們利用當地的天主教信徒和猶太人來統治阿拉伯世界)。
由於華人被荷蘭人認為聰明，勤奮，有能力管理大農場而受優待，許多華人成了殖民統治的支持者。事實上，在荷蘭殖民早期，華人積極支持荷蘭人在這片地區建立其統治地位。例如，17世紀時萬丹省的“中國船長”Souw Beng Kong(宋八公)在他管理雅加達的時期大量組織華人移民到印尼，這極大的動搖了這壹地區的經濟，使得荷蘭人更容易征服伊斯蘭萬丹王國。
作為獎勵，在1619年Souw Beng Kong(宋八公)成為第壹個Kapitein der Chinezen。並獎勵給他的繼承人封地，授予世襲的Sia稱號。這些貴族化的峇峇娘惹掌握了爪哇島上從原住民貴族手中沒收來的大量土地和財富。通過這種手法，他們統治了雅加達的峇峇娘惹和華人。這種體系後來延伸到了爪哇在內的其他的島嶼上。
那些被剝奪了土地的原住民貴族，由於缺乏建立領地的經濟基礎。於是尋求用武力方式奪回原本屬於他們的土地。
荷蘭人和華人參與了上千爪哇奴隸的貿易活動。爪哇人被認為容易出問題，於是將他們運到了在蘇門答臘的華人農場。 荷蘭人常常並不友好的看待華人。在18世紀早期，由於華人從雅加達建成伊始就在經濟上占主導地位，這在某種方式上導致他們之間的關系越來越緊張。
大量華工建造雅加達城，並且耕作附近的土地，中國商人的數量也不斷增加，造成荷蘭東印度公司(VOC)對華人的依賴越來越大。
由於東印度公司的利潤大多數來自於在亞洲國家間的貿易，並不運回荷蘭，雅加達的華人很自然的成了聯系中國的最好方式。
荷蘭人和華人在經濟上相互依賴，理論上應該有很好的關系，但是由於華人的社會地位實際上與荷蘭人平等，而經濟上又是對手。這壹因素造成荷蘭人對於華人與日俱增的憎恨。
引起這些憎恨最終爆發的不僅是華人的商幫，還有華人在爪哇各個經濟領域的活動：富有的華人從中國引入窮人當苦力來開展農業生產。這些苦力成了最重要的經濟領域----甘蔗種植園----的主要勞動力。
越來越多的苦力被引入，導致快到1740年的時候，華人人口占了荷蘭東印度公司統治地區壹半。1690年殖民當局嚴令禁止再從中國引入苦力。但這沒能阻止從中國引入苦力的浪潮，雇主通過向官員行賄的方式繼續引入。
1720年，歐洲市場逐漸飽和，蔗糖市場面臨越來越深的危機。爪哇的甘蔗農場面臨來自更便宜的巴西蔗糖的激烈競爭。許多農場主破產，殖民當局沒有采取措施緩解越來越嚴重的失業問題，壹些絕望的失業者成為了暴民。
最後，殖民當局宣布將加裏曼丹的苦力運到荷蘭在錫蘭南部加勒的種植園。無法知道是不是荷蘭人的真正意圖，謠言開始流傳說荷蘭人想把這些苦力運到海裏扔掉。苦力拒絕登船，叛亂爆發。叛亂者不僅在農村地區搶劫，甚至要攻擊雅加達。
雖然沒有證據，雅加達的荷蘭人懷疑城內的5000華人計劃加入叛亂的苦力。1740年10月9日，荷蘭人命令搜查所有在雅加達的華人居民的住處。這最終演變成三天全方位的大屠殺----所有的華人都被屠殺在自己家裏，先前抓獲的也在監獄和醫院裏立即處死。
壹個傳教士煽風點火說殺華人是“神的旨意”，殖民政府據說按人頭懸賞。這次屠殺的受害者人數估計有5000至10000。紅溪（Kali Angke）這個名字據說來源於那次屠殺造成的“血流成河”。
在這之後，殖民政府宣布“恢復持續”。在雅加達等其他荷蘭統治的城市裏華人被指定住在特定的區域。雅加達華人被指定住在Glodok區，現在還有許多華人生活在那裏。
大屠殺後，荷蘭總督Adriaan Valckenier被逮捕並要求向Heeren XVII (十七世殿下, 荷蘭東印度公司董事)說明。他死在監獄裏，但是對他的指控宣布“免於死刑”。
這件事在後來還常常被提起，特別是在形勢緊張的時候。
繼續移民並分化為三個分支
甚至這樣的血腥事件都沒能阻止華人繼續向印度尼西亞群島移民，在中國找不到的經濟機會的吸引力超過歧視和被壓迫的危險。
在這壹時期的早期華人移民與中國大陸有更緊密的聯系，這表現在他們強烈的回家意識而把這兒當成他們臨時的處所。
由於18世紀中期，乾隆皇帝認為這些流亡海外的人是變節者，會對中國造成威脅，移民對回家的態度開始有了改變。雖然乾隆皇帝采取閉關自守的政策，但是沒有證據表明這些海外流亡者被禁止回到他們的家鄉。
然而許多流亡者發現印度尼西亞群島對他們更有吸引力。滿清政府的敵意和壓迫導致更多的人從中國遷出。被舒適的生活所引誘，壹些人不再將自己與中國大陸聯系起來，他們被稱為峇峇娘惹。壹些峇峇娘惹與當地原住民通婚，但壹般來說都是苦力的女兒。
很多華人認為他們是荷蘭人，信仰天主教，不僅通常受到良好的教育，有較高社會地位，而且效仿西方的生活方式，認為自己更優等。他們被叫做僑生。19世紀晚期，大多數享有Sia稱號的貴族家庭都迅速西化。到了20世紀早期，他們中的許多人----尤其是雅加達附近的----甚至“比荷蘭人更荷蘭人”。 這些Sia貴族結果成了殖民統治的最強有力的支持者。
這些與中國大陸仍然維持關系的華人，仍然維持華人信仰及風俗，認為峇峇娘惹和僑生是不孝子，因為峇峇娘惹和僑生盡量避開中國傳統，這些仍然“純”的華人被叫做新客。
這三個印尼華人群體有完全不同的民族觀。
僑生更傾向荷蘭，峇峇娘惹更傾向印度尼西亞群島原住民，新客更傾向中國。
荷蘭改變政策後Sia貴族開始衰敗
二十世紀二三十年代，長期把持經濟的Sia貴族被他們支持的荷蘭殖民政府系統性的摧毀。在Wilhelmina女皇在荷蘭議會的演講中強調自己對東印度群島欠下“道德債”之後，殖民政府實行了所謂的“社會政策”。這個政策的目標就是要結束爪哇的封建制度和打破峇峇娘惹貴族。
結果是華人Sia貴族，而不是原住民貴族，在這個政策中遭受損失。原住民貴族的土地在殖民早期的時候就被荷蘭人沒收了，而且還把Majapahit王國分成了四塊。荷蘭人為了補救這不受歡迎的而且實際上是種族主義的政策，發起壹個將這些中上層半貴族家族招募為公務員的計劃，這些人被稱為priyayi。
荷蘭政府強迫獲取峇峇娘惹貴族的封地，破壞了很多華人地主家族。雖然他們很多成功轉入商界，但是大多數以前的Sia貴族(這個頭銜在二十世紀四十年代被廢除)被新客取代。後者現在仍然是印尼經濟實力最強大的族群。
伴隨封建Sia貴族的衰敗，印尼華人經歷了壹個現代化的過程，他們建立了西式社會和政治制度。他們二十世紀二十年代在泗水建立了爪哇第壹個非西式的學校。二十世紀六十年代，很多中文學校在大城市中建立了起來。第壹個中文報紙和政黨也在這壹時期建立了起來。這些政黨有的認為他們是印尼民族運動的壹部分，有的仍然認為印尼華人是中國國民。印尼華人是否是中國國民這個問題花了數十年都沒能解決。