波多黎各原為印第安人泰諾部落居住地。
1493年11月克裏斯托弗·哥倫布航行至此，並命名為聖胡安島（San Juan），以紀念施洗約翰（John the Baptist）。
1508年西班牙人J.龐塞·德·萊昂在島上建立殖民據點，次年被任命為總督。
1509年淪為西班牙殖民地。島上原有的土著印第安人由此淪為奴隸，被驅趕到農場和金礦去做工。
1509年，行政中心波多黎各建成，當地政府於1521年，將島名改為波多黎各，其首府則改名為聖胡安。
1511年泰諾人在其首領瓜伊巴那領導下發動起義，遭殖民當局鎮壓，有6000印第安人遭到屠殺。
16世紀中葉，泰諾人被消滅殆盡，殖民者從非洲運來黑人充當奴隸，種植甘蔗。此後波多黎各先後受到海盜騷擾和英、法、荷等國的襲擊。
18世紀中葉，移民和黑奴不斷增加，咖啡成為主要出口物資。
1869年9月23日波多黎各人民在R.埃梅特裏奧·貝當塞斯領導下，在拉雷斯鎮舉行起義（史稱“拉雷斯呼聲”），24日宣布成立***和國，後被西班牙殖民軍鎮壓。經過長期鬥爭，波多黎各終於被西班牙賦於地方自治的權力。不過，從這時算起到美西戰爭後該島變為美國殖民地，當中僅有壹年的時間。
1898年美西戰爭爆發，西班牙戰敗，根據巴黎條約，波多黎各割讓給美國。美國對波多黎各的行政管轄，首先采取了軍政府的形式。在其對該島的兩年治理中，軍政府建立起學校、公路、鐵路、醫院和衛生設施。在1900年，美國國會在該島確立了文官控制。總督、內閣和波多黎各立法機構兩院當中的壹院由美國總統任命。波多黎各人選舉立法機構的另壹院以及壹位駐首都專員，該專員將在華盛頓代表該島利益，在國會有發言權但無表決權。波多黎各人還免於繳納美國稅收。
1917年，美國國會通過瓊斯法案，將“美國公民籍”強加於波多黎各人民。
1937年，波多黎各人民在波多黎各國民黨領袖P.阿爾維蘇·坎波斯在蓬塞發動獨立起義，但再次遭到鎮壓。
1947年美國國會允許總督由選舉產生。
1950年11月1日，波多黎各民族英雄奧斯卡·科拉佐和格利斯裏·托雷索拉刺殺美國總統失敗，另外壹些波多黎各民族主義分子在國會眾議院走廊開槍，射傷了好幾位眾議員。
1950年10月30日，波多黎各人民再次武裝起義，宣布成立波多黎各***和國，31日失敗，100余人被逮捕。
1952年美國給予波多黎各自由聯邦的地位，實行自治，但外交、國防、關稅等重要部門仍由美國控制。
1972年以來，聯合國非殖民化特別委員會多次重申波多黎各人民享有自決和獨立的不可剝奪的權利。
1977年美國總統傑拉爾德·魯道夫·福特向國會提交了《1977年波多黎各立州法》，主張把波多黎各變成美國的第51州。
1982年11月羅納德·威爾遜·裏根總統發表聲明，支持波多黎各成為美國的壹個州。
1993年11月，波多黎各再次就與美國的關系舉行全民公決，結果多數人仍主張維持美國的自由聯邦地位。
2012年11月6日，波多黎各再次進行了第四次公投。此次公投由兩輪投票構成。在第壹輪中，波多黎各人就“在與美國關系上是否想改變現狀”進行投票。180萬人具有投票資格，有6.5萬人放棄了第壹輪投票，在參加投票的人中，54%的人支持改變關系。隨後，波多黎各人就如何作出改變進行選擇，有“成為美國壹州”、“擴大自治權”和“完全獨立”三個選項供投票者選擇。在此輪投票中，只有130萬人進行了投票，61%的民眾支持成為美國第51個州，約33%希望擴大自治權，而僅有5%的人贊成完全獨立。