根據上述職責，自治區人民政府外事辦公室（僑務辦公室）設12個內設機構：
（壹）秘書處
協助辦領導處理、協調機關日常政務；負責機關文電、會務、機要、檔案、財務、政務公開、基本建設、安全保密、督查信訪和翻譯等工作。負責固定資產管理和政府采購工作；負責外事僑務系統的聯絡和內賓接待工作；會同有關部門研究擬訂外事（僑務）政策法規；負責自治區黨委外事工作領導小組辦公室的日常工作。
（二）禮賓處
負責接待來自治區訪問、過境的國賓、黨賓及其他重要外賓；受理、接待外國駐華外交官和國際組織駐華人員來訪事宜；承辦自治區領導出國（境）的具體事宜，統籌安排自治區領導的外事活動；審核自治區及中央駐疆單位主辦的國際會議及外事禮賓活動計劃；負責協調安排外國金融、保險機構、商社、企業與自治區人民政府間非商業性的交往等事宜；負責審核外國副部長級以上政要及與我未建交國家官員來疆訪問的有關事宜；負責外國人赴自治區控制開放區、非開放區的審核管理；負責審核外國人入出境的禮遇規格並出具相關的聯檢證明。
（三）鄰國處
宣傳並落實我國的邊界事務政策和外交政策；負責國界的劃界、勘界、聯檢的有關工作；會同有關部門做好邊境管理和邊境涉外建設等邊界日常管理工作；指導並參與邊防會談會晤、領國情況調研以及與領國交往有關的涉外工作；負責完善邊界工作的措施和規定。
（四）領事處（駐京簽證辦事處）
負責對外國駐疆官方、半官方機構的管理和服務工作；協調處理領事保護事宜及因公出國（境）人員的身份核查、證件補（換）發事宜；管理或協同處理涉外案件及其他重要涉外事項；協助對在疆外國人的管理；承辦自治區和經授權的中央駐疆單位因公出國人員的護照審發和管理、外國簽證的申辦業務；代辦領事認證；承辦自治區和經授權的中央駐疆單位因公赴港澳通行證的審發和簽註業務；核發邀請外國人訪華的簽證通知函電。負責駐京簽證辦事處的日常工作。
（五）出國管理處
擬定自治區因公出國（境）審批和管理的政策、規定和辦法；承辦自治區因公臨時出國（境）、赴港澳地區的審批和管理工作，負責外國人來疆審批業務；負責對因公臨時出國（境）人員進行出國前培訓教育，檢查了解出國團組和人員境外活動情況，進行出國效益評估；負責外國專家、留學生、實習生涉外事項的管理工作；協助有關部門做好出國培訓有關涉外工作。負責自治區港澳事務管理工作。
（六）新聞文化處
負責國際形勢、對外政策的宣傳教育工作，提供重大國際問題和突發事件的宣傳材料和對外表態口徑；負責外事僑務的對外宣傳工作，提供反映自治區區情、建設成就、民族政策的對外宣傳品，協同有關部門做好自治區對外宣傳、文化交流和民間外事、僑務教育工作；協同審核自治區重要涉外報道稿件；負責外國及港、澳地區記者來疆采訪的接待和管理工作。負責《新疆外事》的編輯出版工作。
（七）國際交流處
負責我國加入的國際條約、法規在自治區的實施以及與國內法相銜接的有關工作；負責與外國駐華使領館、國際組織駐華機構和我國駐外使領館及其他駐外機構聯系，協調自治區的官方和民間對外交往事宜；組織指導、參與和協助開展自治區國際交流與合作活動，為自治區對外開放和交流提出建議；負責辦理與外國友好城市締結友好關系的有關事項，管理和指導友好城市交往及其他民間對外交往工作。
（八）非政府組織管理處
負責境外非政府組織在自治區活動及自治區民間組織參加國際非政府組織活動的調研、管理等方面的工作；對各有關單位與境外非政府組織開展活動提供外交、外事方面的政策指導；配合有關部門做好境外非政府組織在自治區活動及民間組織參加國際非政府組織活動管理工作中的對外協調聯絡；承擔機關的綜合調研及修誌工作。
（九）國內僑務處
負責國內僑情調研工作，擬訂自治區僑務政策、法規和工作意見；會同有關部門依法保護華僑、歸僑、僑眷在國內的合法權益；做好信訪接待、僑務扶貧和其他為僑服務工作；負責華僑華人、港澳同胞回國（回鄉）定居的有關工作；負責“三僑考生”的招生事宜及歸僑、僑眷子女自費出國、留學人員身份審核工作。
（十）國外僑務處
負責國外僑情調研，開展對華僑華人及港、澳同胞和社團的聯絡、接待服務等工作；會同有關部門依法保護華僑華人在國內的合法權益；配合我駐外使領館做好華僑華人和新移民工作；配合有關部門解決新疆籍華僑華人子女華文教育的有關事項；幫助歸僑、僑眷依法繼承和調回國（境）外財產。
（十壹）經濟科技處
會同有關部門制訂有關僑屬、僑資企業優惠政策、做好服務工作；做好接受國際與外國機構和人員以及華僑華人、港澳同胞的捐贈工作；協助有關部門做好引進外資、僑資、人才、技術、設備和開拓國外市場、促進對外經濟合作等工作；為自治區外向型企業提供對外交往服務。
（十二）組織人事處
負責機關並指導直屬單位的機構編制、人事、計劃生育、出國（境）政審、安全保衛等工作，負責自治區外事僑務幹部的培訓工作；協助有關部門做好歸僑、僑眷代表人物的人事安排工作；負責自治區外語翻譯職稱的有關工作。
新疆邊防委員會辦公室負責貫徹落實國家和自治區有關邊防工作的方針政策和法律法規；落實新疆邊防委員會的工作計劃和安排；掌握自治區邊防工作情況，開展工作調研，解決邊境地區出現的新情況和新問題；研究制訂搞好邊境管控的措施和規定；負責自治區邊防基礎設施建設和維護管理工作。
機關黨委負責機關及直屬單位的黨群工作。
監察室（與紀檢組合署辦公）為自治區紀委（監察廳）的派駐機構，負責機關和直屬單位紀律檢查和行政監察工作。
離退休幹部工作處負責機關的離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。