(1)辦公室(與政府黨委辦公室合署辦公)
負責文電、會議、機要等機關的日常工作；承辦信息、保密、信訪、政務公開、宣傳等工作；負責機關及直屬單位的黨群和思想政治工作。
(2)政策法規司
指導交通行業的體制改革和結構調整；起草有關地方性法規、規章和政策措施草案並監督實施；承擔本機關相關規範性文件的合法性審核；承辦相關的行政復議和行政訴訟；指導系統的依法行政和法制教育。
(3)綜合計劃辦公室
組織編制公路、水路、港口、水路、地方鐵路等綜合交通運輸體系規劃、發展戰略和專項規劃，承擔相關協調工作；參與制定物流發展戰略和規劃，提出相關政策和標準；承擔交通基礎設施建設項目的前期工作和後評價以及相關規劃和收費公路項目立項的審核；提出中央和地方政府共同投資、省有關專項資金和相關收費公路項目還貸資金安排的建議；參與公路、水路相關交通戰備和搶險救災的綜合管理；承辦公路、水路交通行業利用外資和對外交流合作。
(4)綜合運輸部
監管道路運輸市場，指導城市公共交通相關工作；組織實施重點物資和應急客貨的道路運輸；負責省際及省際客運管理和汽車出入境運輸管理；按照規定承擔物流市場的相關管理工作；組織協調公路、水路、地方鐵路等運輸方式的銜接；統籌中央垂直管理的海事、民航、郵政、鐵路等涉陸工作。
(5)基礎設施管理處
承擔公路水運建設市場的監督管理；承擔交通基本建設項目的質量、造價監督和工程定額管理；承擔省管建設項目的設計初審、施工許可審批和部管項目的施工許可審批；組織國家和省重點交通建設項目的竣工驗收；指導公路養護和農村公路建設管理。
(6)地方鐵路辦公室
擬訂地方鐵路建設規劃和年度計劃；組織制定地方鐵路的管理規則和技術規範，承擔地方鐵路之間、地方鐵路與國鐵中轉站或換裝站之間的銜接協調工作；負責地方鐵路工程建設市場的監督管理，承擔工程質量監督和造價監督；制定地方鐵路建設投融資辦法。
(7)收費管理處
會同有關部門制定公路水運收費政策並監督實施；承擔收費公路管理和收費站設置、車輛通行費標準以及收費公路權益轉讓的相關審核工作；協助收費公路的設立、收費年限的審核和公路收費權質押貸款的登記；推進收費公路聯網收費；承擔政府還貸“收支兩條線”管理和收費公路收費還貸管理的監督管理工作；負責清理整頓收費站。
(8)安全監督辦公室(應急辦公室)
組織制定交通行業安全生產管理規章制度並監督檢查實施情況；指導交通行業安全生產管理工作，監督安全生產責任制的落實；組織和指導交通行業安全生產和應急管理的宣傳教育工作；根據需要組織或者參與交通行業生產安全事故的調查處理；承擔交通行業生產安全事故的統計上報工作；負責機關及直屬單位的安全保衛工作。
(9)財務審計辦公室
組織編制部門預算和決算；承辦交通資金、外匯、信貸等相關工作，會同有關部門共同管理交通專項資金；負責交通資金的分配和監督使用；負責辦公室預算缺口的融資管理、分配和監督；負責機關及直屬單位國有資產的管理和內部審計；辦理公路收費權質押貸款。
(10)科學技術部
擬訂交通行業科技、教育和信息化發展的規劃、計劃和措施並指導實施；組織重大交通科技項目攻關；配合有關部門加強公路、水路交通的無線電管理；指導交通行業環境保護和節能減排工作。
(十壹)人事部門(設有離退休人員服務處室)
負責機關及直屬單位的人事管理、機構編制和勞動工資；按規定管理直屬單位領導幹部；負責機關及直屬單位退休人員的服務工作。
(十二)交通局綜合執法處
指導和監督全省交通行政執法工作，承擔本機關的監督檢查、行政處罰和行政強制工作；組織查處重大違法案件，協調跨區域交通執法。
(13)港口和航運管理局
參與制定水運和港口發展戰略、方針和政策，起草地方性法規草案並監督實施；負責水路交通(航道執法除外)和港口行政管理；參與港口規劃建設項目的審核，負責港口公共基礎設施的監督管理；負責水路運輸、水路運輸服務、船舶代理等輔助業務的行業管理；負責港口及外輪理貨、引航等港口輔助產業，港口及港口設施建設岸線布局的行業管理；協助管理水路運輸相關資金的統籌使用，協助組織港口行政管理等相關費用的征收管理；負責組織實施水路重點物資、軍事、防汛和應急客貨運輸。廣東省公路管理局
崗位職責:副廳級事業單位，受省交通廳管理。其主要任務是:
(壹)貫徹執行《中華人民共和國公路法》、《廣東省公路管理條例》、《廣東省高速公路管理條例》等法律法規，按照國家和省交通主管部門的有關規定，制定具體的公路行業管理制度並組織實施。
(二)參與制定全省公路發展規劃；組織實施國家和省批準的國道和省道規劃。
(三)按照分級管理的規定，負責公路新建、改建項目的審核；參與省道新建、改建工程的竣工驗收；組織實施國道、省道的建設、改造、養護和管理；指導縣道和鄉道建設。
(四)負責國道、國道主幹線、省道的路政管理，查處違反公路法律法規的行為；監督和指導路政管理工作。
(五)組織征收養路費等公路規費。
(六)負責管理本省投資的非經營性收費公路；負責全省收費公路(橋梁、隧道)和收費站(點)的設立、調整和撤銷的審核工作；負責全省收費公路收費標準的初審；對全省高速公路收費站(點)實行行業管理。
(七)負責公路科技項目評估和申報等工作。，推動公路行業的科技進步。
(八)指導公路行業精神文明建設；組織實施創建文明樣板路工作。
(九)承辦上級機關交辦的其他工作。
該局共有副廳級處(室)11人，核定編制136人，其中黨委書記、局長1人，副局長5人(含黨委副書記)，總工程師1人，紀委書記、工會主席65438人，局長、副局長。
人員經費從征收的公路規費中安排，收支兩條線，由財政管理和撥付。
廣東航道局
崗位職責:副廳級事業單位，受省交通廳管理。其主要任務是:
(壹)貫徹執行《中華人民共和國航道管理條例》、《中華人民共和國航道管理條例實施細則》、《廣東省航道管理條例》等國家和省有關規定和技術標準，制定具體管理規定並監督實施。
(二)制定航道發展規劃，制定航道技術等級和助航標誌質量技術指標，組織航道建設前期工作和建設計劃的實施，負責航道建設管理。
(三)負責審批與通航有關的阻河、跨(渡)河、臨河建築物的通航標準和技術要求，會同有關部門綜合開發治理通航河流，處理水資源綜合利用中與航道有關的事項；發布航道通告，實施與航道相關的水文管理。
(四)負責航道和航道設施的保護；停止盜竊、破壞航道設施和侵占、損壞航道；依據國家和省有關航道管理的法律法規，查處相關違法行為。
(五)負責航道部門管理的航道養護費、船閘通過費等費用的征收，並按照有關規定使用和管理。
(六)負責有關航道的利用外資、對外合作與交流。
(七)組織航道科學研究、先進技術交流和科技進步，負責本系統工作人員的技術業務培訓。
(八)制定本行業人才發展規劃，負責本系統精神文明建設和職工隊伍建設；負責本系統二級單位領導班子和後備幹部的考核、任免管理。
(九)承辦省人民政府和上級機關交辦的其他工作。
該局設副處級辦公室(室)9個，核定事業編制86人。其中，黨委書記、主任1人，副主任3人，總工程師1人，總會計師、紀委書記、工會主席65438人，副主任(主任)27人。
人員經費按國家和省有關規定征收，征收航道費和省財政補貼，實行收支兩條線管理(費改稅後由財政核定)。
廣東省交通工程質量監督站
崗位職責:正處級事業單位。主要任務:負責交通工程質量和安全監督；負責省級交通建設工程質量監督和交通工程質量監督的行業指導；實施交通工程質量檢測、監理機構資質認證和行業管理。核定事業編制55名，其中1名站長，3名副站長；1總工程師。人員經費從收取的工程質量監督費中解決，實行收支分開管理，由財政撥付。行政管理和後勤服務人員配備不超過核定總編制的20%。
廣東省交通征費管理中心
職責:科級機構負責組織實施全省交通規費征收的相關工作，協助交通運輸主管部門建立和推廣收費公路“不停車收費系統”，制定並實施相應的管理規範。核定事業編制17人，其中主任科員1人，副主任科員2人。人員經費從征收管理的收費收入中按規定安排，實行收支兩條線管理，由財政撥付。
廣東省交通工會委員會
崗位職責:處級事業單位，工作人員5名。主要職能:領導省公路管理局、省航道局工會和省內各市縣基層工會；領導部機關和直屬單位工會、省交通汽車運輸集團(總公司)和港航集團(總公司)工會，指導市縣交通運輸工會工作；受省總工會委托，聯系省交通運輸集團有限公司、省航運集團有限公司工會。
廣東省瓊州海峽輪渡運輸管理所
崗位職責:正處級事業單位。主要任務:負責實施廣東、海南兩省政府及兩省交通運輸主管部門頒布的有關瓊州海峽運輸管理的行政法規和規範性文件；負責瓊州海峽輪渡運力管理，受理本省水路運輸企業和單位經營海峽輪渡運輸的申請，簽署初審意見並報省交通行政主管部門審批；協調處理瓊州輪渡運輸中的港航糾紛；組織指導港航企業做好車船接駁運輸，維護兩岸運輸秩序；指導港航企業做好安全生產工作。核定編制18人，其中主任1人，副主任2人。人員經費從海安碼頭收取的交通管理費中解決，實行收支兩條線管理，由財政撥付。
廣東省交通工程造價管理辦公室
崗位職責:正處級事業單位。主要任務:負責省級交通基礎設施項目概算、概算、標底、結算的審核；負責省級交通基礎設施項目的造價管理；負責交通基礎設施工程施工定額的確定、收集、整理和編制；提供交通基礎設施工程造價咨詢服務。核定事業編制35人，其中站長1人，副站長2人，總工程師1人。人員經費自籌。
廣東省交通運輸廳機關服務中心
崗位職責:正處級事業單位。主要任務:承擔物業、材料設備、環境綠化、愛國衛生、房屋維修、公務用車、交通安全、通訊、印刷、水電、花卉工作等輔助和服務工作。其中主任1人，副主任2人。***29人(其中財政撥款13人，自費16人)。
廣東省交通運輸檔案信息管理中心
崗位職責:正處級事業單位。主要任務:負責交通信息系統和通信網絡的組織協調工作；負責交通部門辦公自動化系統的建設、推廣和維護；收集和開發交通信息資源，提供交通發展信息分析；負責交通調查；負責重要交通技術資料和文件檔案的管理；指導交通企事業單位的檔案工作。核定事業編制30名，其中主任1名，副主任2名。人員經費由省財政廳從交通廳使用的交通費中解決。
廣東省交通規劃研究中心
崗位職責:正處級事業單位。主要任務:承擔交通建設規劃、政策法規、合作運輸管理、駕駛員培訓管理、世行貸款管理等方面的具體技術和事務性工作；為交通系統和社會提供交通政策、管理和交通技術方面的指導和咨詢服務。核定事業編制50人，其中主任1人，副主任3人，總工程師1人。人員經費自籌。
廣東省交通技術學校
職責:原廣東省交通技術學校，處級事業單位。主要任務:培養交通技能和技術崗位的初級人才。核定機構200個，其中校長1人，副校長2人(含黨委副書記)，紀委書記1人，工會主席1人。人事經費由財政撥付。行政管理和後勤服務人員在核定的總編制內配備不超過25%。
廣東省交通醫院
職責:副處級事業單位在醫療體制改革前仍由省交通廳管理。主要任務:為交通工作者和社會提供醫療衛生保健服務。核定事業編制140人，其中校長1人，副校長3人。人事經費由財政撥付。行政管理和後勤服務人員在核定的總編制內配備不超過25%。
廣東省瓊州海峽輪渡車輛運輸危險品檢測站
職責:不定級，受廣東省瓊州海峽輪渡運輸管理處委托，負責瓊州海峽廣東至海南跨海滾裝車輛的安全檢查。核定事業編制35名，其中1名站長，2名副站長。人員費用從交通費中支付。