其中特區內有羅湖、福田、南山、鹽田四個地方稅務局，保稅區、蛇口、稽查局和第壹、二、三稽查局。特區外已成立寶安、龍崗區地稅局和第四、第五稽查局。2007年，成立了稅源管理局和納稅服務局。負責稅源分析、管理、納稅評估和納稅服務管理；2009年底，根據《稅收征管法》和《深圳市人民政府辦公廳關於印發市政府部門主要職責和人員編制規定的通知》(深府辦〔2009〕100號)的規定，成立光明新區地方稅務局、坪山新區地方稅務局。
深圳地稅局正式幹部職工2239人，其中具有大專以上學歷的574人，占總人數的25.6%；本科生1166人，占總人數的60%；研究生274人，占總人數的12.2%；黨員1748人，占總人口的78.1%。