寧波日報報業集團實行黨委領導下的社長負責制。集團黨委是決策中心，是報業集團的領導核心。集團綜合管理部的組織機構為:集團(黨委)辦公室、組織人事部、監察審計部、經營管理辦公室、報社管理辦公室、新聞辦公室、財務部(結算中心)、信息技術部等。，負責協助集團領導對新聞、運營、人事、財務、資產進行統壹管理。集團的第三層是運營層。目前有18個經濟獨立核算實體，包括八家報社、兩家期刊社、壹家網絡、壹家書店、印刷中心、發行中心、物業中心、寧報傳媒公司、新文賓館等。按照成本核算、預算管理、基礎承包和超額分成的要求，實行經濟責任制。其中，作為浙江省文化體制改革試點單位，東南商報管理部分和印務中心分別組建股份公司——報業集團和雅戈爾集團合作組建東南商報管理有限公司；報業集團與浙江立世集團合作成立寧波報業印刷發展有限公司，按照新的體制和機制運作。同時，集團與浙江出版集團合作，以組建寧波新華書店有限公司的形式，將寧波新華書店進行股份制改造。
報業集團深化改革，爭取突破，爭取市場發展，優化資源組合，做大做強文化產業。集團按照搞活機制、擴大規模、提高效益、確保導向的工作方針，改革體制機制，挖掘發展潛力，繁榮業務，綜合實力顯著提升，報紙廣告發行、印刷、新聞網站、圖書出版發行等業務快速發展。2004年，寧波日報單報廣告收入超過6543.8億元。寧波晚報單報廣告收入超過654.38+0.5億元；東南商報單報廣告收入突破5000萬元；集團主營業務收入超過6億元，廣告支付超過4億元。2009年銷售收入接近6543.8+0億元，廣告投放4.2億元，報紙日總發行量達到6543.8+0萬份，利潤上升到近6543.8+0億元。