首先，了解當地的管理法規
首先，妳需要了解當地關於屋頂種菜的規定。不同的城市或地區可能有不同的管理規定，通常體現在城市管理條例、物業管理條例或小區業主公約中。可以查閱這些文件，了解樓頂種菜是否違法，以及具體的處罰措施。
二、向城市管理行政執法部門投訴。
屋頂種菜違反當地管理規定的，可以向當地城市管理行政執法部門投訴。這些部門通常負責城市秩序的監督管理，對違規行為會采取相應的執法措施。可以撥打當地城管熱線或者去城管部門投訴，並提供詳細的證據和說明。
三、向住房城鄉建設部反映
樓頂種菜可能還涉及到建築安全和房屋使用，所以也可以向當地住房和城鄉建設部門反映情況。這些部門通常負責建築規劃和房屋管理，會對屋頂可能存在的安全隱患和違規使用蔬菜進行查處。
第四，向物業管理機構投訴
如果妳所在的小區有物業管理機構，也可以向物業管理機構投訴。物業管理機構通常負責小區的日常管理和維護，會對樓頂種菜的違法行為進行制止和處理。妳可以向物業管理人員反映情況，要求他們采取措施解決問題。
總而言之:
去哪個部門投訴樓頂種菜，要看具體的管理規定和所在地的法律法規。可以向城市管理行政執法部門、住房和城鄉建設部門或者物業管理機構投訴。進行投訴時，需要提供詳細的證據和說明，以便相關部門調查處理。
法律依據:
《中華人民共和國城鄉規劃法》
第64條規定:
未取得建設工程規劃許可證或者未按照建設工程規劃許可證的規定進行建設的，由縣級以上地方人民政府城鄉規劃主管部門責令停止建設；可以采取改正措施消除對規劃實施影響的，限期改正，並處工程造價5%以上10%以下的罰款；無法采取改正措施消除影響的，應當限期拆除。不能拆除的，沒收實物或者違法所得，可以並處工程造價10%以下的罰款。
物業管理條例
第55條規定:
業主和使用人應當遵守國家和本市的規定以及業主大會的決定，不得有下列行為: (五)違法修建建築物、構築物；物業服務企業應當勸阻、制止前款規定的行為，並向業主委員會和相關行政管理部門報告。