即使交了罰款，違法房屋的性質仍然是違法的。根據法律規定，在城鄉規劃主管部門決定停止建設或限期拆除後，當事人繼續建設或未在規定時間內拆除違法建設房屋的，縣級以上地方人民政府有權指定有關部門采取措施，包括但不限於查封施工現場和強制拆除違法建設房屋。所以，罰款並不能使違章房屋合法化，違法行為仍然會面臨法律的進壹步懲罰。
違法建房的法律後果:
1，責令停止施工:壹旦發現違法建設，相關部門將立即下達停工通知書；
2.強拆:政府有權對已建或在建的違章建築實施強拆；
3.罰款處罰:違建會被罰款壹定的金額，視違建的程度和面積而定；
4.不登記:違法房屋不會被房產部門登記，無法取得合法產權；
5.限制交易:違法房屋不得買賣、贈與；
6.對信用記錄的影響:違法建設可能會被記入個人信用記錄，影響以後的信貸等經濟活動。
綜上所述，對違建房屋的罰款並不會使其合法化，違建仍將面臨法律的進壹步懲罰。
法律依據:
城鄉規劃法
第六十四條
未取得建設工程規劃許可證或者未按照建設工程規劃許可證的規定進行建設的，由縣級以上地方人民政府城鄉規劃主管部門責令停止建設；可以采取改正措施消除對規劃實施影響的，限期改正，並處工程造價5%以上10%以下的罰款；無法采取改正措施消除影響的，應當限期拆除。不能拆除的，沒收實物或者違法所得，可以並處工程造價10%以下的罰款。