東山寺為混凝土結構建築，清水石外墻，黃色琉璃瓦檐，依山勢由低到高分為四個入口，前後入口之間有天井。第壹個入口是前門，門前有十壹級石階，東側是禪房和客廳，西側是廚房。第二個入口是關帝廟，裏面供奉著關帝像，右邊是譚旋，後面是韋陀像、公鐘和大鼓。第三個入口是“大雄寶殿”，有三寶佛和十八羅漢，右邊是“醫靈殿”。第四是“觀音寺”等等。廟內增建了“黃大仙祠”。寺墻內嵌福建彩畫180幅，寺外新修涼亭、假山、龜園壹座，周圍新種桃、李、枇杷、沙田柚、龍眼、荔枝等果樹。
2009年，東山寺第三次重修。建成後將以大山門、天王殿、大雄寶殿、藏經樓為中軸線分為四部分。兩側有伽藍殿、祖廟、功德殿、福壽殿，有鐘樓、鼓樓、僧舍、客房、客廳、齋堂、禪堂、六祖講堂。
2012年9月至2014年元旦，擴建大雄寶殿，左側為天壇和鐘樓，右側為祠堂和鼓樓。全部采用純菠蘿桃木結構，地基采用傳統花崗巖建造，沒有任何鋼筋混凝土。其中鐘樓的萬斤銅鐘為中國臺灣省鑄造，刻有《般若波羅蜜多心經》和《大悲咒》。