大多數水體的富營養化主要是由外界輸入的營養物質在水體中的富集引起的。如果從外界輸入的營養物質減少或切斷，水體就失去了營養物質富集的可能。因此，首先要著眼於減少或切斷外界營養物質的輸入，控制外源性營養物質。應從控制人為汙染源入手，準確調查排入水體的營養物質的主要來源，監測排入水體的廢水、汙水中氮、磷的濃度，計算每年排放的氮、磷總量，為實施外源營養物質控制措施提供可靠的科學依據。
第二，減少內源性營養物質的負荷
輸入湖泊和其他水體的營養物的時空分布非常復雜。氮和磷可能被水中的水生生物吸收利用，或以可溶性鹽的形式溶解在水中，或通過復雜的物理化學反應和生物作用沈降，並在沈積物中積累，或從沈積物中釋放到水中。應根據不同情況采取不同方法降低內源營養負荷，有效控制湖泊磷富集。主要方法有:
1.工程措施:包括挖掘底泥、水體深層曝氣、註水稀釋、在底泥表面鋪設塑料。挖掘沈積物可以減少甚至消除潛在的內部汙染源；深層曝氣可以通過定期或不定期在湖底進行人工深層曝氣來補充氧氣，使水與沈積物界面之間沒有厭氧層，經常保持好氧狀態，有利於抑制沈積物中磷的釋放。此外，在條件允許的情況下，向湖泊中註入低磷低氮濃度的水，可以稀釋營養鹽的濃度。
2.化學法:這種方法包括混凝沈澱和用化學藥劑滅藻。比如能有效從水溶液中沈澱磷的陽離子有很多種，其中最有價值的是鐵、鋁、鈣，相對便宜，而且都可以與磷酸鹽形成不溶性沈澱而沈澱下來。另壹種方法是用除藻劑殺死藻類。這種方法適用於水華嚴重的水體。除藻劑殺死藻類後，藻類分解時仍會釋放磷。因此，應及時將被殺死的藻類撈出，或加入適當的化學物質來解釋藻類分解釋放的磷酸鹽沈積。
3.微生物投加法:投加適量的微生物(各種菌種)，加速水中汙染物的分解，起到凈化水質的作用。微生物的繁殖速度是驚人的，呈幾何級數增長。微生物在繁殖過程中分解水中的有機物，並吸收分解的營養物質作為自己的個體營養源。它們的生長受環境影響很大，比如PH值、溫度、氣壓、水中溶解氧等等。
用微生物處理水質，必須定期進行微生物的篩選、培養、保存、復壯等壹系列專業處理過程，保證微生物細胞的健康。在自然系統中，水與動物、植物和微生物共存。水為生物群落提供生命之源，反過來生物群落又對水進行凈化，形成水體的自然凈化機制。在人類出現之前，大自然就是按照這個規律運行的，保持河流湖泊的清潔。壹個基本規律是，在健全的生態系統中，水質清潔是必然的結果。
自然水體的自凈能力主要是水體中各種生物(尤其是微生物)共同作用的結果。水體被汙染，是因為引入其中的“物質負荷”超過了生物“消化自凈”的速度。在封閉的水生生態系統中，當外來物質進入生物圈的速度超過自身食物鏈循環的速度時，就會造成食物鏈中某些環節的失衡。此時如果不采取措施調整種群數量或結構(如將種群部分取出水面或人為放入其他種群抑制種群增長)，水體生態平衡將被破壞，水質惡化。
利用現有的微生物，馴化培養適應當地條件的微生物，然後對培養的微生物進壹步篩選，篩選出生理活性強的菌株，然後大量繁殖，投放到水體中。為了保證篩選出的微生物能夠保持良好的活性，壹直處於高效的工作狀態。在日常工作中，必須定期對微生物進行篩選、保存和復壯，以最大限度地減少變異對微生物的影響，保持微生物物種的穩定，這也是生態水處理中水質穩定的關鍵因素之壹。提高水體環境容量，增強水體自凈能力。
微生物，尤其是氮循環細菌，對水體的自凈能力起著重要的作用。有機物的礦化和分解，氮氣的氣化；磷鹽在湖底的沈積和固定離不開聚磷菌的作用。自然界中水生植物附近有很多種細菌群落，遠比自由水中豐富。
開發人工載體和優化高效細菌種群是非常重要的。優化的人工載體用於培養優化的氮循環細菌並將其釋放到自然水體中。自然生物作為壹級載體，其他人工載體和沈積物作為二級載體，水中懸浮固體作為三級載體。將原來沙漠水域中以水土界面為主的好氧-厭氧、硝化-反硝化條件擴展到水面和水體，強化了細菌濃度，增加了系統的凈化能力。
4.生物措施:
★種植水生植物:挺水植物、漂浮植物、大型漂浮植物、附生藻類、浮遊植物、沈水植物。
利用水生生物吸收和利用氮和磷元素進行代謝活動，從水中去除氮和磷營養物的方法。水生植物，包括鳳眼蓮、蘆葦、香蒲、海羅、多穗馬尾藻、衣藻。等。，可以根據不同的氣候條件和汙染物的性質進行適當的選擇和種植。水生植物凈化水體的特點是大型水生植物為主體，植物和根區微生物共生，產生協同效應，凈化汙水。通過植物直接吸收、微生物轉化、物理吸附和沈澱去除氮、磷和懸浮顆粒，重金屬分子也被降解。水生植物壹般生長速度快，收獲後可發酵用作燃料、飼料或沼氣。這是國內外治理湖泊富營養化的重要措施。
★飼養水生動物:螺、蚌等底棲動物能過濾懸浮物，吃生物碎屑，其分泌物有絮凝作用。蝸牛有刮生藻類的功能，蝦和某些種類的魚可以吃藻類、碎屑和浮遊動物。這些動物作為健康水生生態系統的補充成分，也發揮著重要作用。根據水體的具體環境，投放合適的水生動物，如魚類、底棲生物等。
★人工生態系統的建立:人工生態系統通過種植水生植物，飼養魚、鴨、鵝，形成多重食物鏈。其中不僅有分解者、生產者，還有消費者，他們共同努力，更有效地處理和利用汙水中的汙染物，從而形成許多食物鏈，形成縱橫交錯的食物網生態系統。不同營養級之間保持適當的數量比和能量比，就能建立良好的生態平衡系統。當壹定量的汙水進入這個生態塘後，其中的有機汙染物不僅被細菌和真菌降解凈化，其降解的最終產物，壹些無機化合物作為碳源、氮源和磷源，以太陽能為初始能源，參與食物網中的代謝過程，逐漸從低營養級向高營養級遷移轉化，最終轉化為水生作物、魚、蝦、貽貝、鵝、鴨等產品。人們不僅可以不斷地拿走這些增殖的產品。