處理機關日常工作，協調機關政務；負責統籌籌備農牧系統工作會議、黨組會議、常務會議、局長辦公會議，統籌組織實施、消息運行、政務信息、文件管理、印章管理和農牧局大事記編纂；負責機關保密、檔案、信訪工作；制定本機關的相關規章制度並組織實施；承擔農牧局其他機關的社會治安綜合治理、後勤保障、物業管理和事務性服務職能。
黨委辦公室
監督、檢查和了解黨支部對黨和國家的方針政策以及黨委下達的任務的執行情況；根據黨委要求，做好各類黨務會議的組織、準備和記錄工作；起草黨委報送的文件和黨委的重要報告、匯報；對上級機關和基層黨支部的來信進行登記、傳閱、請示和歸檔；黨委印章和介紹信的管理；根據中心工作和各時期黨委的要求，起草黨委年度工作計劃和工作總結；黨委的其他日常工作。
紀檢監察室
貫徹落實市委、市政府、市紀委監察局、農牧局關於黨風廉政建設的決定和指示，協助同級黨組織搞好黨風廉政建設，並會同有關部門組織、督促和檢查落實情況。查處局機關公務員、黨組成員、局機關下屬單位和黨組任命的局機關直屬單位領導幹部違反國家政策法規、違反政治紀律的案件。負責紀檢監察信訪舉報，受理黨員、局機關和下屬單位的申訴、舉報和投訴，保護黨員民主權利，受理被監察對象違反政治紀律的舉報和投訴，被監察對象不服行政處分的投訴，保護被監察對象依據國家有關政策、法律、法規行使職權。宣傳紀檢監察工作的方針政策，做好黨風、黨紀、政治紀律和反腐敗的宣傳教育工作；調查研究局機關及下屬單位黨風廉政建設和貫徹執行黨和國家方針政策、法律法規的情況，提出對策建議。對局機關和直屬單位紀檢監察部門負責人和紀檢監察工作人員的配備、任免提出審計意見。協調指導全市農牧系統行業整治工作和執法監管工作。負責市農牧局系統紀律檢查委員會的日常工作。
總務處
承辦農牧局政務和監督工作；組織起草相關綜合報告、文件和文稿；負責辦理全國人民代表大會和CPPCC的提案；負責綜合上報各地區、各部門、各行業涉農重要工作進展情況；研究、調查和擬定全市農牧業產業政策和農村牧區經濟發展政策；協調農牧局各項業務工作並及時向局黨組匯報，為市委、市政府決策提供參謀。
人事和老幹部管理科
負責機關行政管理，指導下屬單位人事、勞動工資、機構編制和人事統計工作；承擔局機關和直屬單位領導班子建設和幹部培訓工作；負責對下屬單位公務員和領導班子、幹部的考核；負責全市農牧業系統科技人員、農牧業技術推廣隊伍建設規劃和科技人員管理；擬定農牧業專業技術資格和行業特定工種職業技能鑒定標準並組織實；負責組織農牧業專業技術職務的評聘；負責局機關及所屬單位的勞動保護和社會保險工作；貫徹退休工作的方針政策；負責機關退休人員的管理和服務，負責局機關及下屬單位退休人員管理工作的檢查和指導。
政策和法規科
負責全市農牧業法制建設，指導和監督農牧業行政執法工作；組織、協調、承擔農牧業法律法規的實施和監督檢查工作，對全市各地區起草的法律法規中有關農牧業和農村牧區經濟的條款提出意見；承辦農牧業行政復議和法制宣傳教育；組織對農村牧區經濟收支、收入和農牧民負擔的監測；指導農牧民專業合作經濟組織和蘇木、鄉鎮集體經濟組織、行業協會、中介組織和經紀人的建設；指導和監督農村牧區集體資產管理和集體經濟組織財務會計、審計工作；指導和監督農村牧區耕地和草地承包及合同管理工作。
市場信息和經濟合作科
制定全市大宗農畜產品市場體系建設規劃並組織實施，指導農畜產品批發市場建設和規範管理；組織協調農畜產品質量檢驗工作，負責農畜產品技術和質量標準體系建設；負責農牧業信息系統建設；負責制定優質農畜產品和無公害農畜產品的質量標準和認證；組織協調農資市場“打假”工作；負責農畜產品流通價格和成本、農畜生產資料供求等農牧業信息的預測、收集和發布；負責全市農牧業的國內外經濟合作，並組織招商引資；負責外資項目的協調、管理和實施；組織和管理對外經濟技術交流，負責對外宣傳。
發展規劃科
組織制定全市農牧業和農村牧區經濟發展戰略和農牧業中長期發展規劃；協調農牧業產業結構調整和綜合平衡，組織編制農牧業和農村牧區經濟發展年度計劃；組織編制農牧業基本建設年度計劃，制定農牧業重點項目發展規劃和項目庫建設，負責農牧業建設項目的審批、檢查、驗收和申報工作。
財務科
編制市本級農牧系統各行業年度部門預算。審核、匯總、編制本系統各行業年度決算；管理局和系統各種專項基金的財務核算；指導和監督系統直屬單位的財務管理和會計工作，研究提出系統財務管理的指導意見；負責農牧業國內外經濟合作項目的資金管理；負責監管本系統及下屬單位的國有資產；負責農牧系統內部審計。
科技教育科
擬訂全市農牧業科技教育發展的規劃和政策，負責全市科教興農戰略的實施；負責科學研究和技術推廣項目的選擇和實施；組織重大農牧業科技成果的鑒定和評估，管理科技成果及其轉化；指導全市農牧業教育和科技引進工作，負責全市農牧民培訓；指導基層農牧業社會化綜合服務體系建設；負責農牧業宣傳工作。
種植管理組
研究制定全市種植業發展規劃和年度計劃；指導種植業結構和布局調整，負責種植業生產布局、結構調整、基礎設施建設的編制和種植業項目的組織實施及日常監督管理；組織提出種植業發展的主要技術措施，組織實施重大技術推廣項目；組織防災救災工作，負責農業信息和種植統計。
畜牧部門
研究、制定並組織實施全市畜牧業發展規劃和年度計劃；指導畜牧業生產布局和結構調整，提出畜牧業發展的重大技術進步措施，組織指導畜牧業基礎設施建設、優勢畜產品基地建設、畜牧業示範工程建設、畜牧業“種子工程”建設、畜牧業防災基地建設等項目的規劃、計劃、實施和日常監督管理；組織實施水產養殖重大技術推廣項目；負責養殖業管理和防災保畜工作；負責種畜禽生產、經營、使用的管理，種畜禽進出口管理和種畜禽資源保護；指導畜禽改良、種畜禽生產建設和種畜禽場管理；負責畜牧業統計。
草原家庭
負責編制全市草原資源保護、合理開發利用、草原生態建設發展規劃和年度計劃；負責全市草原的保護、利用、管理和建設；負責編制和組織實施草原建設項目；負責宣傳貫徹草原法律、法規、規章和草原執法；負責草原監管和草原生態監測；負責飼料行政監督管理和牧草種子質量監督；負責編制草原防火規劃、基礎設施建設和物資儲備。
獸醫系
研究制定全市動物防疫工作規劃和年度計劃並組織實施；負責動物防疫、獸醫、獸藥和藥品檢驗等獸醫執法工作；負責獸藥生產、經營和使用的監督管理；負責獸醫體系建設；負責動物疫病預防控制和動物及其產品安全衛生的監督管理；組織撲滅重大疫情和新的突發疫情。
農業機械化管理科
貫徹執行國家和自治區關於農牧業機械化的政策法規；負責制定全市農牧業機械化管理的制度和措施，並組織實施；指導全市農業機械化社會化服務體系建設，協調農業機械科研項目和科研成果的鑒定推廣及農用柴油市場供應；監督管理全市農業機械產品和農業機械質量的年檢、備案，以及駕駛員的技術培訓、牌證發放和安全監管。
農場和牧場管理科
為全市農墾經濟社會發展提供宏觀指導、監督和服務；研究擬定全市經濟社會發展戰略、規劃、政策、經濟體制改革方案和工業化指導意見，並監督實施；協調墾區內外關系，提出墾區基本建設項目計劃並組織實施；組織農墾系統的統計和信息工作。