1999，高淳縣轄:惜春鎮、磚墻鎮、陽江鎮、古柏鎮、喬奇鎮、東壩鎮、丁埠鎮、雅溪鎮、古城鎮、蒼溪鎮、石樹鄉、胡丹鄉、薛城鄉、鳳山鎮、草堂鄉、青山鄉、下壩鄉、古龍鄉。
2000年，高淳縣轄9個鎮。根據第五次人口普查數據，全縣總人口為400121，其中各鄉鎮(人)人口為:惜春鎮98824人，古城鎮23738人，東壩鎮40056人，定埠鎮32563人，雅溪鎮25357人，陽江鎮42642人，古柏鎮69948人，35168人
2002年底，高淳縣轄9個鎮:夏純鎮、磚墻鎮、陽江鎮、古柏鎮、喬奇鎮、東壩鎮、定埠鎮、雅溪鎮、古城鎮。
2003年，高淳縣行政區劃轄9個鎮壹目了然。(根據江蘇省2003年底村及以上代碼)
惜春鎮:轄社區居委會(春東、惜春、濱江、南壹、梨園、淳安、易貝、北陵、大喬、孝感村、荷城)；村委會(王村、西社、八字角、姜家、圩峰、寶塔、岱村、鶴城、浦頭、龍井、漁場、甘村、南塘、坨頭、城東、永華、雙金、新陽、楊家、華本、傅蓉、泰安、臨城、薛城、興豐、長城。
陽江鎮:轄社區居委會(西鬥門)；村委會(新橋、嘉庚、魯管、雙城、孫王、東排、王曉、顧北、大嶽、南當、楊家灣、高墩、西平、平耕、太平、寶成、永豐、東山、新鄭、永璉、瑞陽、沈李、明光等。
磚墻鎮:轄社區居委會(永城)；村委會(徐賢、毛成、永成、三河、橋灣、北更陳、邊峰、達汗、港口、思源、夾溝、牧溪、鬥門、水碧橋)。
古柏鎮:轄社區居委會(古柏)；村委會(永松、雙寶、後堡、吳家嘴、唐翔、黃家、雙紅、湯唯、韓村、元村、鳳味、戴家城、古柏、張江、段缺頭、丁潭、聯合)。
喬奇鎮:轄社區居委會(雙牌石)；村委會(喬奇、中心、和平、茅山、雙友、雙聯、京西)。
古城鎮:轄社區居委會(古城鎮)；村委會(古城、雙崗、雙泉、尤山、廟崗、禪林、振興、曙光、橋頭、蔣山、華聯、草堂、九龍、前進、三龍、苗華、義堡)。
東壩鎮:轄社區居委會(鎮南、鎮北)；村委會(東壩、山莊、新建、裴橋、洪崗、中村、東風、松二鋪、付家灘、童嘉、建設、和縣、樹同、遊子山)。
丁埠鎮:轄村委會(鎮東、華義、鎮南、韓橋、新閘、銀杏、豐源、青桂、河南、王新、須賀)。
雅溪鎮:轄社區居委會(雅溪鎮)；村委會(鴨溪、安樂、關旭、石牌、趙村、關西、躍進、永清、尚義、京山、蘭溪、李嶠、松溪、古龍、姚蕩、穆家莊、新塘、王興)。
2004年底，高淳縣行政區劃壹覽表:轄9個鎮:程春街、惜春鎮、陽江鎮、磚墻鎮、古柏鎮、喬奇鎮、東壩鎮、古城鎮、雅溪鎮、丁埠鎮。