負責組織制定市局(公司)政務管理規章制度，維護機關工作秩序；負責督辦市局(公司)局長、經理辦公會議決定的事項；負責協助市局(公司)領導了解和掌握全局，協調部門之間的工作，確保工作到位；負責主持重要會議，組織起草重要材料；負責公文處理、文秘、政務信息、檔案、機要、保密、信訪、外事、接待、統戰、值班等工作；負責車輛的調度和管理；負責監督檢查國家有關法律、法規和行業規章制度的執行情況，研究提出實施意見；負責審查全市系統規章和規範性文件的合法性和合規性；負責學習法律法規，辦理法律事務、法律咨詢和行政復議；負責審查全市系統的重大經濟合同；負責相關行政執法證件的管理；負責全市系統的法律法規宣傳教育和普法工作；完成市局(公司)領導交辦的其他任務。
(2)工商管理科(經濟運行科)
根據公司發展規劃和上級有關政策規定的要求，負責研究提出全市系統的中長期發展規劃和年度發展計劃；負責組織實施公司綜合計劃管理、公司經濟運行績效評價、經濟運行分析、投資規劃、部門績效評價、固定資產實物管理、公司招標管理、節能減排目標管理、對標管理、質量管理體系和職業健康安全管理體系，確保公司戰略目標的實現和經濟工作規範的正常運行；完成市局(公司)領導交辦的其他任務。
(3)壟斷部分
(稽查支隊內部壟斷管理監督科)
負責監督檢查煙草專賣法律、法規和規章的執行情況；負責制定並組織實施壟斷監督管理和內部壟斷監督管理的規章制度；負責煙草專賣許可證、煙草專賣品運輸許可證等各類專賣管理證件的管理；負責全市煙草專賣品生產經營活動的監督檢查，查處違法違規案件，打擊違法行為，保護合法經營；負責組織協調全市卷煙打假和走私工作；負責罰沒物資和罰款的管理；負責對縣專賣管理局的監督和考核；負責組織和指導縣級局內部生產經營活動的管理和監督；對轄區內工業企業的生產經營活動進行日常監督和定期檢查；負責全市系統的行政執法錯案責任追究；負責實施壟斷信息化建設；完成市局(公司)領導交辦的其他任務。
(4)財務科
負責對財經法規、財稅制度、財務會計政策的執行和遵守財經紀律進行監督；負責制定全市系統的財務管理制度；負責財務管理、預算管理、資產管理、資金管理、重大財務事項審批等。對單位資產管理實施內部監督和風險控制，確保國有資產保值增值；負責全市系統大宗物資的集中采購；負責基金管理中心的工作；負責組織年度財務預決算，編制財務報表，分析財務狀況；負責組織實施會計電算化和財務信息系統的管理；負責市局(公司)機關的會計核算和財務管理；完成市局(公司)領導交辦的其他任務。
(5)審計科
負責本級公司的季度審計工作；負責開展經濟責任審計；負責審核本單位基建和更新改造工程的預算(概算)和決算，參與工程驗收；負責監督公司內部招標(經濟評審)；負責牽頭組織開展煙草基礎設施專項資金和生產投入補助資金的專項審計；負責管理審計和“漏洞”審計；完成市局(公司)領導交辦的其他任務。
(6)勞動部門(退休人員管理部門)
負責組織管理全市系統人事、勞動工資、社會保險和人力資源配置工作；擬定全市人事、勞動、教育和社會保障方面的規章制度；負責組織全市系統級管理人員的調配、任免、考核、晉升、獎懲、教育等工作，建立健全全市系統級後備人員管理制度，制定培訓計劃並組織實施；負責全市系統收入分配的宏觀調控，承擔薪酬委員會的日常工作；負責市局(公司)的勞動工資、勞保福利管理工作；負責縣級局內設機構和人員編制的審批和管理；負責市局(公司)機關教育培訓工作，指導縣級局單位開展職工教育培訓工作；負責全市系統專業技術人員的管理，組織專業技術職稱考試、繼續教育和評審申報；負責市局(公司)人事檔案的管理；負責離退休人員和休班休息人員的管理和服務；完成市局(公司)領導交辦的其他任務。
(七)政治學(黨委和工會)
負責貫徹上級黨組織和市局(公司)黨組思想政治工作精神；負責制定全市系統性思想政治工作規劃和意見；負責組織和指導全市系統的思想政治教育、精神文明建設和企事業單位文化建設；負責機關黨建工作，了解和研究全市基層黨組織建設情況，指導縣級局級單位配合地方組織開展黨建工作；負責全市系統職工思想政治工作研究會的日常工作；負責市局(公司)工人、青年、婦女、武裝部和計劃生育組織工作，指導全市工會工作；完成市局(公司)領導交辦的其他任務。
(八)紀檢組(監察部、糾風辦)
負責維護黨章和其他黨內法規，保證黨的路線、方針、政策的貫徹執行；負責加強廉政建設，開展黨風、黨紀和廉潔勤政教育，抓好黨風廉政建設責任制的落實；負責監督檢查國家法律法規和行業及市局(公司)有關規章制度的執行情況；負責履行本級監督職責，對市局(公司)黨組及其成員、行政監督對象、相關行政職能部門進行行政監督；負責受理對全市黨組織、黨員和行政監察對象違法違紀行為的檢舉和控告；負責查處全市黨組織、黨員和行政監察對象的違法違紀案件和其他重大問題，提出處理建議；負責受理黨員對紀律處分的申訴和行政監察對象對紀律處分的申訴；負責完善監督機制，加強監督和再監督；完成上級紀檢監察機關和市局(公司)領導交辦的其他工作。
㈨安保科
負責組織和指導全市系統貫徹執行國家安全生產法律、法規和政策，並監督檢查執行情況；負責制定全市系統安全工作的管理辦法、規範和標準，監督檢查執行情況，指導縣級局安全工作，提供咨詢服務；負責組織事故調查，協調處理全市重大安全事故；負責監督檢查安全隱患整改措施的落實情況；負責組織新、改、擴建項目的“三同時”監督審核；負責市局(公司)機關的安全教育培訓。負責收集、整理全市系統安全信息和上報安全工作；負責市局(公司)機關的社會治安綜合治理和戶籍管理工作，負責對下屬單位的社會治安和戶籍管理工作進行檢查、指導、監督和考核。協助辦公室進行應急演練和事故處置；完成市局(公司)領導交辦的其他任務。
(10)煙草生產經營部門
負責煙葉收購國家標準的實施，貫徹國家局和省局關於煙葉生產、收購和流通的方針、政策；負責制定全市煙草管理制度的規章制度；負責制定全市系統的煙草規劃和產銷計劃；負責落實煙葉種植面積、煙葉種植收購合同，組織煙葉生產和收購。負責全市煙葉的二次評控、煙葉的儲存和運輸；負責全市烤煙產、供、銷的統計信息；負責市局級(蘇仙、北湖)煙葉種植、收購、調撥、煙基工程、標準化煙站管理和質量的檢查考核；完成市局(公司)領導交辦的其他任務。
(11)營銷中心
負責全市卷煙銷售網絡的建設；負責制定全市卷煙營銷網絡建設工作計劃和管理制度，指導縣局制定本單位卷煙銷售的規章制度，監督銷售行為，檢查業務活動中規章制度的執行情況；負責組織實施全市卷煙經營年度計劃，制定卷煙經營考核辦法；負責調控全市卷煙品牌和銷量；負責協調卷煙訂購貨源的組織和銜接；負責監督檢查卷煙價格的執行情況；負責建立全市體系化卷煙業務信息平臺，分析全市體系化卷煙業務運行情況，為卷煙業務提供決策信息支持；完成市局(公司)領導交辦的其他任務。
(12)物流配送中心
負責制定和修訂全市系統性卷煙物流倉儲配送工作計劃和管理制度，並監督實施；負責全市卷煙的統壹儲存、運輸、分揀、包裝和配送服務；負責全市卷煙的倉儲管理，維護“國家壹號工程”及成品煙出入庫掃描打碼；收取卷煙貨款；完成市局(公司)領導交辦的其他任務。
(十三)信息中心(服務中心)
負責全市煙草業務系統信息化規劃的編制和實施；負責行業監管、業務應用、決策支持、平臺支撐等四個信息管理系統和電子政務中心、電子商務中心、數據中心三個中心的建設、運行、維護和管理；負責全市系統信息網絡、數據通信和業務信息管理系統的安全、運行和維護管理；負責組織全市計算機軟硬件的招標采購；負責市局門戶網站的平臺建設和技術支持；負責全市系統信息隊伍的建設；負責現代煙草服務中心的建設和管理；負責煙草服務、卷煙零售商和經營者協會的相關工作；完成市局(公司)領導交辦的其他任務。
煙草研究所(煙草研究所)
研究制定全市煙草農業科技發展的長遠和年度規劃；負責全市煙草農業技術開發研究、科技創新與交流合作、科技管理和成果轉化；負責組織實施煙草農業標準化和系統化的科技咨詢、學術交流和科普工作，組織學術研究活動，推廣先進生產技術和管理經驗；完成市局(公司)領導交辦的其他任務。
(15)物業管理辦公室
負責市局(公司)房屋及公共設施的維護、保養和維修；負責市局(公司)辦公設施設備的采購和維護；負責市局(公司)機關辦公用品的采購、保管和發放；負責監督管理市局(公司)機關的安全保衛、環境衛生和綠化維護；負責市局(公司)職工食堂的管理；負責市局(公司)水、電、氣管理及本級自辦公房租金、水電管理。
(十六)煙草基地辦公室(現代煙草農業辦公室)
負責制定全市煙草生產基礎設施建設和現代煙草農業總體規劃；負責制定年度實施計劃、實施方案和管理措施；負責項目建設的指導、監督、審查和考核，配合有關部門做好項目資金的預算和結算工作。
(17)基礎設施辦公室
由市局(公司)負責實施新建、改建、擴建的土建工程項目；負責市局(公司)整體搬遷項目的實施。