負責組織協調政務、文電處理和對外聯絡工作；負責組織協調重要會議，起草重要文稿；負責新聞宣傳、政務信息、外事、保密、提案、信訪、檔案管理和安全工作。
2.計劃財務部
組織制定全區建設發展戰略和中長期規劃；編制固定資產投資計劃和外資利用計劃；綜合管理專項資金的分配和使用；按規定對相關項目進行審查或審批；負責辦公室行政和業務專項經費的財務核算；負責部門及部門所屬事業單位的財務管理和國有資產管理；綜合管理行業統計，負責外商投資建築業。
3.政策法規司
組織擬訂建築業重要政策和改革方案並協調實施；負責綜合政策研究；擬訂立法計劃，組織地方性建設法規的論證、起草、修訂、報批和授權解釋；行政執法監督綜合管理與建設；承辦行政處罰、行政復議和行政訴訟代理工作；負責建築行業普法工作。
4.科學技術處
組織制定全區建築業科技發展戰略、中長期規劃和重點項目計劃；組織重大科技項目的研發和引進項目的消化吸收創新；管理和組織行業科技成果推廣；指導企業的技術進步；引導新型建築材料和建築節能的推廣應用。
5.標準配額辦公室
標準定額部組織實施工程建設國家標準、國家統壹定額和行業標準；貫徹建設部有關工程造價管理的制度和規定，研究制定全區工程造價管理辦法；組織制定和發布自治區工程建設標準、建設工期定額、建設用地指標、經濟技術參數和評價方法等。；監督檢查工程建設標準、定額和工程造價管理措施的執行情況；負責工程造價咨詢單位和工程造價從業人員及執業人員的資質管理；管理建築業產品標準備案，指導質量見證工作；協調處理工程建設標準、定額和成本管理中的問題。
6.建築管理處
研究擬定全區建築業發展戰略、產業政策和中長期規劃並指導和監督實施；負責指導和規範全區建築市場，擬訂規範建築市場各方市場行為和工程招投標、建設監理、建築安全生產、建築工程質量管理的規章制度，並監督實施；研究制定建築業體制改革的措施並監督實施；引導建築企業建立現代企業制度；負責建築施工、建築安裝、建築裝飾、建築產品、建設監理等企業的資質審批；負責對區外建築企業在新疆從事建築活動實施核查、登記管理，組織協調建築企業參與國際工程承包和勞務合作；負責建築業的統計工作。
7.勘測設計事務所(康辦)
組織制定全區工程勘察設計咨詢業的長遠發展規劃、改革規劃、產業政策和技術政策；負責全區勘察設計咨詢市場和勘察設計咨詢單位的質量管理；監督和指導工程勘察設計招標；組織全區工程建設標準設計的編制、審批和推廣；負責全區工程勘察、設計、咨詢單位和施工圖審查機構的資質管理；負責外省設計單位進入新疆的資質審核和登記管理；指導城市地下空間的開發利用；綜合管理工程建設抗震設防和加固，指導地震災後重建。
8.城市規劃辦公室
研究制定全區城市發展戰略和城市規劃管理的政策措施；組織編制全區城鎮體系規劃、城市總體規劃、詳細規劃和專業規劃；負責審批自治區城鎮體系規劃和城市總體規劃；負責國家和自治區立項建設項目選址定點審批和規模以上規劃用地審核；參與土地利用總體規劃審查；負責城市規劃設計單位的資質管理；負責城市雕塑的規劃管理和城市地下空間的開發利用；承擔歷史文化名城的審批、保護和監督工作；管理城市測量和市政工程測量。
9.城市建設辦公室
研究擬定全區城市建設和市政公用事業發展的戰略、產業政策、改革措施和中長期規劃，並指導和監督實施；執行國家制定的城市建設行業技術標準；負責管理城市給排水、燃氣、熱力、市政設施、公共客運、園林綠化、市容環境衛生等行業；負責自治區重點風景名勝區及其規劃的審批、保護和監督；指導城市規劃區內計劃用水、節約用水和地下水的開發、利用和保護；負責城市建設統計工作。
10.村鎮建設辦公室
研究擬定村莊和集鎮(含縣城以下鎮、集鎮和村莊)建設的發展戰略、政策措施和中長期規劃並監督實施；組織編制和實施鎮、集鎮規劃和農牧民定居點規劃；負責審批邊境口岸總體規劃；組織實施村莊和集鎮建設試點工程；指導村鎮農房建設和基礎設施建設；指導災區村鎮重建和大型建設項目村鎮遷建。
11.房地產部
研究擬定自治區房地產業發展戰略、中長期規劃和產業政策；指導全區住宅建設和房地產開發；引導城市土地使用權有償出讓和開發利用；負責培育和規範房地產市場，指導房地產交易、租賃、抵押等經營活動；負責房地產開發、中介服務、物業管理等企業的資質審查；指導房地產產權管理、產權登記、房屋拆遷和危險房屋鑒定工作；組織制定全區城鎮住房制度改革的綜合配套政策和規劃；審核地方房改實施方案和配套政策並指導實施；負責全區住房公積金和其他住房資金的政策指導和監管；負責住房制度改革領導小組的日常工作。
12.住房公積金監管辦公室
負責區級行政事業單位出售公有住房所得職工租賃保證金和維修基金的歸集和審核；負責審批和監督自治區行政事業單位住房建設級住房維修資金；負責自治區本級行政事業單位職工住房補貼的發放和管理。
13.人事教育司
負責機關及直屬事業單位的組織、人事、勞動和機構編制工作；負責全區建築工程和房地產經濟專業技術職稱評審工作；綜合管理建築業註冊執業人員的資格考試、培訓和註冊工作；制定並實施全區建築業人才培養計劃；負責建築業職工的教育和培訓；指導全區建築業從業人員職業技能鑒定和專業技術人員繼續教育工作；管理處是學校；負責俱樂部辦公系統的管理。
14.機關黨委(精神文明辦公室)
負責本部門和直屬單位的黨群工作。
15.紀檢組(監察室)
負責機關和直屬單位的紀檢監察和行政監察工作。履行黨的紀律檢查和政府行政監察職能。
16.老幹部工作辦公室的職責
負責機關及直屬單位離退休人員的服務和管理工作。
17.行政許可辦公室
根據《關於設立建設部行政許可服務中心有關問題的通知》(建建[2008]1號)，建設部行政許可服務中心的具體職責是:統壹受理建設企業資質和個人執業資格行政許可申請，將行政許可申請轉送本部門對口業務處室，向申請人送達行政許可文件和證件， 督促業務處室承辦行政許可申請工作進度，會同業務處室管理建築業資質。