應納稅所得額=工資收入-各項社會保險費-起征點(5000元)
應納稅額=應納稅所得額x稅率-計算扣除額。
按照國家規定，單位和個人繳納的基本養老保險費、基本醫療保險費、失業保險費和住房公積金，在納稅人的應納稅所得額中扣除。
因此，根據上述規定，公司在為個人和員工繳納社保基金時，只要不超過當地政府規定的比例，公司代扣代繳的個人所得稅社保扣除額應包括公司為個人繳納的部分和個人繳納的部分。超過規定比例的部分不允許在個人所得稅前扣除。
法律依據:《中華人民共和國個人所得稅法》。
第二條下列個人所得，應當繳納個人所得稅:
(壹)工資、薪金所得；
(二)勞務報酬所得；
(三)稿酬所得；
(四)特許權使用費所得；
(五)營業收入；
(六)利息、股息、紅利所得；
(七)財產租賃所得；
(八)財產轉讓所得；
(9)偶然收入。
居民個人取得前款第壹項至第四項所得(以下簡稱綜合所得)，應當按照納稅年度合並計算個人所得稅；非居民個人取得前款第壹項至第四項所得，應當按月或者分項計算個人所得稅。納稅人取得前款第五項至第九項所得，應當依照本法規定分別計算個人所得稅。