法律分析:從基本存款賬戶中扣除，由單位在社保中申報。以前記得是分兩批扣的，以6月份為例；6月初，1-5之間，扣除6月份應繳納的醫保費用；6月底，25日-30日之間，31，扣除6月份所有應繳納的保險費用(醫療保險除外)；壹般以前都是這樣扣的。
法律依據:《中華人民共和國社會保險法》。
第十二條用人單位應當按照國家規定的職工工資總額比例繳納基本養老保險費，記入基本養老保險統籌基金。職工應當按照國家規定的工資比例繳納基本養老保險費，記入個人賬戶。無雇工的個體工商戶、未在用人單位參加基本養老保險的非全日制從業人員和其他已參加基本養老保險的靈活就業人員，應當按照國家規定繳納基本養老保險費，並分別記入基本養老保險統籌基金和個人賬戶。
第六十條用人單位應當自行申報並按時足額繳納社會保險費，除因不可抗力等法定原因外，不得緩繳或者減繳。職工應當繳納的社會保險費由用人單位代扣代繳，由用人單位按月告知本人繳納社會保險費的明細。無雇工的個體工商戶、未在用人單位參加社會保險的非全日制從業人員和其他靈活就業人員，可以直接向社會保險費征繳機構繳納社會保險費。