按照社保中心的職能劃分，中心共有10個部門。
(1)辦公室
-負責統籌協調、會議、上傳下達、監督督導、
——負責文秘工作，收發保管文件，信訪工作。
-負責後勤、安全、衛生等工作；
——負責人事、黨務、工業、青年、婦女、計劃生育和文化宣傳工作。
(2)計劃財務部
——負責社會保險基金收入、支出和結余的會計管理、預決算報告；
-編寫社會保險數據的統計分析報告；
-管理社會保險銀行支出賬戶和雇員個人賬戶；
-管理中心的日常財務工作。
⑶政策咨詢科
——負責參保單位和職工社會保險檔案的管理；
——負責社會保險信訪、咨詢和社會保險事務綜合調查；
——組織社會保險宣傳和培訓。
(4)審計科
——負責審核參保單位繳費人數和工資基金繳納情況；
-負責審計被保險人獲得的社會保險福利；
-負責審計報告；
-負責中心業務運營的審計和風險控制。
(5)保險關系組
-負責制定社會保險關系建立、轉移和終止的程序和業務規範；
——根據社會保險法律法規調整繳納社會保險費的標準；
——負責被保險人社會保險關系的轉移；
-負責員工的社保繳納、逾期繳納、退款及數據修改。
(6)養老金失業待遇審核科
——失業保險待遇，誰負責給退休人員和失業人員發放養老保險待遇；
——負責農民和被征地農民養老保險待遇和老年津貼的發放；
——負責離退休、軍轉幹部、補充養老保險等服務。
——負責養老保險金和失業保險金的資格認證。
——受勞動和社會保障局委托，負責審批職工退休。
(7)醫療生育待遇審核科
——負責發放醫療保險、未成年人醫療保險、城鄉居民醫療保險和生育保險待遇；
——負責醫療保險個人賬戶轉移；
——負責定點醫療機構和零售藥店的管理；
——負責核算定點醫療機構的醫療費用，確定支付方式和報銷標準；
——負責組織定點醫療機構簽訂《珠海市職工醫療保險服務協議》，並組織培訓。
(8)工傷待遇審核科
——負責發放工傷保險待遇；
——負責工傷定點醫療機構的管理；
——負責組織簽訂工傷定點醫療機構協議並組織培訓；
——負責工傷職工及其供養親屬領取工傷保險待遇的資格認證；
——負責工傷預防和康復工作的推進，正確引導工傷職工就醫和康復；
——負責會同有關部門制定三項工傷費用的預算、使用計劃和安全生產獎勵計劃。
(9)勞動能力鑒定委員會辦公室
——負責工傷和職業病職工勞動功能障礙程度的鑒定；
——負責工傷職工和職業病職工生理障礙程度的鑒定；
-負責接受因傷病提前退休的申請；
-負責確認舊傷復發；
-負責確認藥物治療後仍需治療；
-確認輔助設備的安裝、維護和更換；
——負責建立醫療衛生專家庫，聘請、培訓和管理醫療專家庫成員，組織安排醫療專家進行鑒定。
(10)農保辦
——負責農民和被征地農民養老保險的管理、指導和協調工作；
——負責編制農民和被征地農民養老保險、未成年人醫療保險和城鄉居民醫療保險征繳計劃，並監督征繳計劃的實施；
——負責農民和被征地農民養老保險、未成年人醫療保險和城鄉居民醫療保險的補繳和結算；
——負責香洲區社會保險擴面、協調、溝通和指導工作。
代理
社保中心分別在鬥門和金灣區設立機構。受基金中心委托，經辦機構負責轄區內養老、失業、工傷、醫療、生育等社會保險事務。機構名稱為“珠海市社會保險基金管理中心XX辦事處”。平沙、紅旗社會保險所歸金灣辦事處管理。
(1)辦公室主要職責
——負責轄區內社會保險關系的建立、轉移和終止；
——辦理轄區內養老保險待遇、失業保險待遇、醫療保險待遇、工傷保險待遇、生育保險待遇、農民和被征地農民養老保險待遇、未成年人醫療保險待遇、城鄉居民醫療保險待遇的發放；
——負責轄區內養老保險和失業保險待遇資格認證；
——負責轄區內農民和被征地農民養老保險、未成年人醫療保險和城鄉居民醫療保險的擴面、協調、溝通和指導工作。
——承辦勞動和社會保障局、社會保險基金管理中心交辦的其他工作。
(2)辦公室的內部結構
辦公室下設綜合部、保險關系部、養老失業待遇審理部、醫療生育待遇審理部、工傷待遇審理部。
(3)辦事處的管轄權
香洲辦公
負責香洲區及其各鎮、街道辦事處、萬山海洋開發實驗區、淇澳管理區、橫琴經濟開發區、保稅區、大學園、科技創新海岸的社會保險經辦工作。
鬥門辦事處
負責鬥門區及所轄鎮的社會保險管理工作。
金灣辦公
負責珠海國家高新技術產業開發區金灣區及其鎮、臨港工業區和三竈工業園區的社會保險管理工作。