(1)簽發單位不同:醫保電子證書由國家醫保局簽發；電子社會保障卡由人力資源和社會保障部發行。
(2)領取條件不同:參加過醫保的用戶可以領取醫保電子證書；電子社保卡只能在實體卡的基礎上激活和領取。
(3)功能不同:醫保電子憑證可以實現藥店購買和定點醫院查詢；電子社保卡不具備醫保電子憑證的兩大獨特功能。
法律依據:《中華人民共和國社會保險法》第七十四條社會保險經辦機構通過業務經辦、統計、調查等方式獲取社會保險工作所需的資料，有關單位和個人應當及時、如實提供。
社會保險經辦機構應當及時為用人單位建立檔案，完整、準確記錄人員參加社會保險和繳費等社會保險數據，妥善保管登記申報原始憑證和繳費結算會計憑證。
社會保險經辦機構應當及時、完整、準確記錄個人為社會保險繳費情況、用人單位繳費情況以及享受社會保險待遇等個人權益記錄，並定期將個人權益記錄免費發送給本人。
用人單位和個人可以免費向社會保險經辦機構查詢、核對繳費和社會保險待遇記錄，要求社會保險經辦機構提供社會保險咨詢等相關服務。