特殊疾病通常包括:惡性腫瘤放化療、重癥尿毒癥透析治療、再生障礙性貧血、失代償期肝硬化、系統性紅斑狼瘡、血友病等。具體疾病範圍由各地醫療保險部門制定。
對患有特殊疾病的參保人員，醫院根據診療結果出具《基本醫療保險特殊疾病門診治療審批表》，參保人員持審批表、病歷、相關檢查、化驗報告、單位證明向社保經辦機構提出申請。