1，性質不同。靈活就業人員自行繳納社保的，可以自願選擇是否繳納社保；單位強制繳納社保；
2.不同類型的保險。我作為靈活就業人員為城鎮職工繳納社保，通常只能繳納兩種保險:職工養老保險和職工醫療保險；單位繳納的城鎮職工社會保障包括養老保險、醫療保險、工傷保險、生育保險、失業保險五個險種；
3.繳費基數不壹樣。作為靈活就業人員繳納社保，可以根據自己的實際情況選擇適合自己的繳費基數，繳費基數通常為當地上年度社會平均工資的60%-300%不等；單位繳納社保，繳費基數按照單位上年度職工平均工資計算；
4.個人繳費比例不同。靈活就業人員自己繳納社保，需要自己承擔所有費用。職工養老保險繳費比例通常為20%，部分地區繳費比例會略高，其中12%進入養老保險統籌賬戶，8%進入個人賬戶；單位繳納社保，職工養老保險單位繳費比例為繳費基數的16%，職工個人繳費比例為8%，也就是說單位會承擔大部分費用，職工個人只需要承擔壹小部分；
5.養老保險的退休年齡可能不壹樣。自己繳納社保，靈活就業男性60歲退休，靈活就業女性55歲退休，部分情況允許靈活就業女性50歲退休，少數地區統壹規定靈活就業女性50歲退休，具體以各地政策為準；單位交社保，男60歲退休，女職工50歲退休，女幹部55歲退休。
法律依據
中華人民共和國社會保險法
第二十三條職工應當參加職工基本醫療保險，用人單位和職工應當按照國家規定繳納基本醫療保險費。無雇工的個體工商戶、未在用人單位參加職工基本醫療保險的非全日制從業人員和其他靈活就業人員，可以參加職工基本醫療保險，個人按照國家規定繳納基本醫療保險費。