1.社保賬戶余額不足。
2.銀行賬戶信息填寫不正確。
3.銀行賬戶已被註銷或凍結。
4.銀行系統故障或維護。
社會保障的支付規則:
1.繳費方:社保通常由用人單位和個人共同繳納，但靈活就業人員可能需要自己全額繳納；
2.繳費比例:不同地區、不同類型的社保(如養老保險、醫療保險)繳費比例不同；
3.繳費時間:社保繳費通常有固定的時間節點，錯過繳費時間可能導致無法及時扣款；
4.賬戶管理:個人社保賬戶需要妥善管理，賬戶信息錯誤或變更不及時更新可能影響支付；
5.政策變化:政府有時會根據經濟狀況和社會需求調整社保政策，包括繳費基數、比例、免征額等措施。
綜上所述，靈活就業人員社保未被扣除的原因可能包括社保賬戶余額不足、銀行賬戶信息填寫不正確、賬戶被註銷或凍結、銀行系統故障或維護等。
法律依據:
社會保險費征繳暫行條例
第二
本條例適用於基本養老保險費、基本醫療保險費和失業保險費(以下簡稱社會保險費)的征繳。
本條例所稱繳費單位和繳費人，是指依照有關法律、行政法規和國務院的規定應當繳納社會保險費的單位和個人。
第十五條
省、自治區、直轄市人民政府規定社會保險費由稅務機關征收的，稅務機關應當及時向社會保險經辦機構提供繳費單位和繳費個人的繳費信息；社會保險經辦機構應當匯總相關信息，並向勞動保障行政部門報告。
第十六條
社會保險經辦機構應當建立繳費記錄，包括基本養老保險和基本醫療保險，並按照規定記入個人賬戶。社會保險機構負責保存支付記錄並確保其完整性和安全性。社會保險經辦機構每年至少向繳費單位發送壹次基本養老保險和基本醫療保險的開戶通知書。
繳費單位和個人有權按照規定查詢繳費記錄。