如果同時繳納農村合作醫療和社保住院，在計算報銷時需要按照各自的規定進行報銷。
首先妳需要了解農村合作醫療和社保住院醫療的報銷比例和範圍。農村合作醫療的報銷比例和範圍可能因地區而異，而社保住院醫療的報銷比例和範圍則取決於妳所在的地區和單位。
報銷時需要提供相關醫療費用單據和病歷，按照相關規定申請報銷。壹般來說，妳需要先申請農村合作醫療或者社保住院，按照其規定提交相關材料。
需要註意的是，如果妳同時支付農村合作醫療和社保住院，報銷可能會有壹些重疊。因此，在申請報銷時，您需要仔細核對相關費用和報銷比例，以確保您的利益得到最大限度的保障。
總而言之:
支付農村合作醫療和社保住院可以為妳提供更全面的醫療保障，但報銷時需要仔細查看相關費用和報銷比例，避免不必要的損失。同時，妳需要了解相關的法律法規和政策，以確保妳的權益得到保護。
法律依據:
《中華人民共和國社會保險法》規定:“職工應當參加基本醫療保險，用人單位和職工應當按照國家規定繳納基本醫療保險費。”(第三十條)
《中華人民共和國農村合作醫療保險條例》規定:“農村居民可以按照規定參加農村合作醫療保險。”(第三十條)