妳的公司在上海註冊。如果只是在南京的辦事處，沒有註冊的分公司或子公司，員工的勞動關系可以在上海簽，在上海買五險壹金。
但是員工在上海買五險壹金，享受的相應福利大部分只能在上海享受，比如醫保。雖然上海醫保也可以支持異地常駐的人報銷(員工勞動合同在上海，實際工作地點不在上海，所以可以說是異地常駐)，但是手續復雜，員工報銷不像直接在上海，可以當場報銷，異地還得先行墊付。對於公司來說，上海的社保費用是全國最高的。
可以推薦妳的公司以勞務派遣的形式錄用，員工的勞動合同轉到勞務派遣單位，實際用人單位還是妳自己。這樣員工的勞動合同不在自己單位，員工的五險壹金購買地也實現在南京。規範用工，這是目前國內處理分公司人員勞動關系最規範的方式。但是@我。
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