員工醫療保險是指根據法律的強制性要求，由用人單位公司和社會發展團隊成員共同繳納醫療保險費，創建醫療保險股票基金。
農村醫療保險由國家機構正確引導和應用，農民參與，由農民自己、組織和政府部門以各種方式籌集資金，並協調規章制度，用於農民的醫療和大病互助。
2.支付方式不同。
農村醫療保險是農民自己參加，不能用個人繳費、團體救助、政府部門扶持緊密結合的方法來提高農民自己的年繳費標準。根據地區經濟發展情況，繳費標準為每年100元。200元、300元、400元、500元，每個地區根據自己的具體情況設定繳費水平，自然要多繳費。個人社會保障由雇主和雇員共同繳納。用人單位的繳費率應調整在職工工資的6%左右，職工的繳費率壹般為本人工資的2%。
3.覆蓋的目標不同。
職工醫療保險覆蓋城鎮所有用人單位，包括公司(集體所有制、國有企業、外商投資企業、私營企業等)職工。)、事業單位、行政機關、群眾團體、非營利性企業等。鄉鎮企業是否應該參與國家政府部門的決策。只有農業戶口才能辦理新農保。
4.繳費標準不壹樣。
大城市醫保的繳費比例與工資掛鉤，按相關要求繳納。壹般企業承擔8%，我承擔2%。支付比例遠高於新農合。因為新農合是自己交的，不同地區有差異，農民好朋友可以根據自己的需求選擇必須交的水平。
5.報銷比例不壹樣。
職工基本醫療保險社保繳費人有個人賬戶，費用會按時分類，報銷比例高，標準最低支付，金額高，醫療費用不封頂。職工基本醫療保險在社保人員繳費年限滿後可終身享受。新農合沒有私人賬戶，報銷比例低於職工基本醫保，金額更低，壹年報銷壹次。
6.報銷類別不同。
新農合在農村城鎮醫院的報銷比例較高，地級以上醫院的報銷比例小於個人社保，但兩者均隨醫院級別的增加而降低。