雲南省人力資源和社會保障廳有28個內設機構(正廳級)、黨委和離退休人員辦公室。
(1)辦公室
負責政府文電、會議、機要信息、檔案、財務、信息、政務公開、安全、保密和國有資產管理工作；負責所屬事業單位的財務和國有資產監管；承擔本部門、本機構的綜合協調、政務運行、監督檢查和服務保障工作。
辦公室由秘書科、財務科和行政科組成。
(2)政策研究室
負責人力資源和社會保障政策研究，承擔重要文稿起草工作；協助專家咨詢；承辦人力資源和社會保障的新聞發布和宣傳工作。
(3)法律部
組織起草人力資源和社會保障法律法規草案和政府規章草案；承擔機關規範性文件的合法性審核；負責辦理全國人民代表大會代表和CPPCC委員的提案；承辦相關的行政復議和行政訴訟；負責法律事務；負責人力資源和社會保障法制宣傳教育。
(4)計劃財務部
擬訂人力資源和社會保障發展規劃和年度計劃；審查社會保險基金預算草案和決算草案；參與制定社會保障基金(資金)財務管理制度；承擔相關信息規劃和統計管理工作；負責管理省級人力資源和社會保險基金以及國際援助和貸款項目。
(5)就業促進辦公室
制定就業規劃和年度計劃；制定勞動者平等就業、農村勞動力轉移就業和跨地區有序流動的政策；指導公共就業服務體系和制度建設；指導和規範公共就業服務和就業服務信息管理；制定就業和失業管理辦法；參與制定就業專項資金和扶貧公共就業服務資金使用管理辦法；牽頭制定高校畢業生就業政策；制定特殊群體就業援助和就業實施辦法；擬訂國(境)外人員(不含專家)入境就業實施辦法；承擔雲南省就業再就業領導小組辦公室的具體工作。
(6)人力資源市場劃分
擬訂人力資源市場發展規劃和政策並組織實施；制定人力資源服務機構市場準入管理制度，指導和監督專業中介機構的管理；負責人力資源市場的監督檢查；制定人員調配政策，承擔特需人員調配、留學回國人員安置調劑工作，承擔省直機關、省屬企事業單位和中央駐昆單位高校畢業生接收和昆外人員調配工作；會同有關部門組織、管理和實施扶貧幹部(科技副鄉長)選拔工作。
(七)關於轉業軍官安置工作(雲南省軍隊轉業幹部安置工作小組辦公室)
擬定軍隊轉業幹部安置政策和計劃並組織實施；負責軍隊轉業幹部的培訓工作；負責省、中央駐滇單位軍隊轉業幹部及其家屬的安置工作；承擔雲南省軍隊轉業幹部安置工作小組的具體工作。
(八)軍官安置第二名。
制定軍隊轉業幹部自主擇業的綜合政策並組織實施；負責自主擇業的軍隊轉業幹部的管理服務、教育培訓和就業指導；承辦自主擇業軍隊離退休幹部的發放、調整和預計；為自主擇業的軍隊轉業幹部協調落實社會保障；指導州(市)自主擇業軍隊轉業幹部的管理和服務工作。
(九)轉業軍官安置三處。
負責落實中央的企業軍轉民政策，解決困難；制定全省企業軍轉民政策，解決困難；指導各地做好企業轉業幹部的思想教育和信訪工作，配合有關部門預防和處理企業轉業幹部群體性上訪事件；負責全省企業轉業幹部數據庫建設和解困經費的預算和協調。
㈩職業能力建設辦公室
制定城鄉勞動者職業培訓技能鑒定的政策、計劃並組織實施；制定高技能人才和農村實用人才培養激勵政策；在國家教育政策指導下，制定技工學校和職業培訓機構發展規劃和管理規則，指導技工學校招生、師資隊伍和教材建設；制定國家職業分類、職業技能標準和行業標準的實施辦法；指導和規範機關、企業、事業單位職業技能鑒定和工人技術等級崗位的評定(鑒定)；承擔技師聘任管理工作。
(十壹)專業技術人員管理辦公室
制定專業技術人員管理和繼續教育政策並組織實施；負責專業技術人員職稱的綜合管理，承擔深化職稱制度改革的相關工作；改進和完善博士後制度；承擔高層次專業技術人才的規劃和培養；負責推薦選拔有突出貢獻的中青年專家、享受政府特殊津貼的專家、“科技興國貢獻獎”專家和優秀拔尖人才；制定吸引專家和海外留學生來雲南工作或定居的政策。
(12)事業單位人事管理處
指導事業單位人事制度改革和事業單位人事管理工作；擬訂事業單位工作人員和國家工作人員的管理政策；承擔事業單位崗位設置方案的審批或備案工作；指導和管理除公務員(含參照公務員法管理的事業單位工作人員)以外的機關事業單位公開招聘工作人員(含特崗教師、運動員)；制定事業單位從國(境)外招聘人員(不含專家)的政策。
(十三)農民工工作辦公室
制定綜合政策，規劃和組織實施農民工工作，維護農民工合法權益；推動落實農民工相關政策，協調解決重點難點問題，協調處理涉及農民工的重大事件；指導和協調農民工工作信息化建設；承擔雲南省農民工聯席會議辦公室的具體工作。
(14)勞動關系部
制定勞動關系政策並組織實施；制定勞動合同和集體合同制度的實施規範；擬訂就業登記和就業合同備案政策，負責省、中央駐滇單位就業登記和就業合同備案工作；擬訂企業職工工資收入分配的宏觀調控措施，指導和監督省屬國有企業工資總額管理和企業領導人員工資收入分配；承辦雲南及省內央企員工轉昆明備案；完善企業職工退休政策；指導企業勞動定員工作；制定消除非法使用童工和女職工、未成年工特殊勞動保護的實施辦法；承擔中央企業在雲南及省內綜合計算工時工作制和不定時工作制的審批。
(15)工資和福利部
擬訂機關事業單位工作人員(包括特殊貢獻人員)的工資收入分配、福利和退休政策並組織實施；制定地方津貼補貼政策並組織實施；負責工資統計和分析；負責事業單位工資總額的管理；負責省直機關事業單位工作人員工資調整變動的日常管理；負責省直機關事業單位工作人員提前和延遲退休的審批。
(16)養老保險辦公室
擬訂機關、企業、事業單位基本養老保險和補充養老保險政策；擬定城鎮居民養老保險的政策、規劃和標準；制定養老保險基金管理辦法；制定養老保險社會化管理和服務發展規劃；建立養老保險基金預測預警系統；審核州(市)基本養老保險費率；承擔雲南省企業退休人員社會化管理服務領導小組辦公室的具體工作。
(十七)失業保險司
擬訂失業保險政策、計劃和標準；制定失業保險基金管理辦法；建立失業預警系統，制定預防、調控大規模失業的政策；指導失業保險經辦機構的工作；牽頭制定經濟結構調整中職工安置權益保障相關政策。
(十八)醫療生育保險部
擬訂醫療保險和生育保險的政策、計劃和標準；制定醫療保險和生育保險基金管理辦法；擬定定點醫療機構和零售藥店的設立條件和標準，參與制定定點醫療機構和零售藥店的服務管理和結算辦法；制定患病和產假停工期間的津貼標準；制定補充醫療保險政策和管理辦法。
(十九)城鎮居民醫療保險。
擬定城鎮居民基本醫療保險的政策、規劃和標準；擬定城鎮居民補充醫療保險的政策和管理辦法；制定城鎮居民醫療保險基金管理辦法；擬定城鎮居民醫療保險定點醫療機構的管理、結算方式、支付範圍和支付標準；參與城鎮居民醫療保險定點醫療機構的監督管理；指導和監督城鎮居民醫療保險政策的實施。
(20)工傷保險部
擬訂工傷保險政策、計劃和標準；完善工傷預防、認定和康復政策；根據國家有關規定，制定工傷、傷殘鑒定標準和定點醫療機構、藥店、康復機構、殘疾人輔助器具安裝機構資質標準實施辦法；指導工傷認定工作；承擔與勞動能力鑒定相關的工作。
(二十壹)農村社會保險司
擬定被征地農民農村養老保險和社會保障的政策、規劃和標準；會同有關部門制定農村社會保險基金管理辦法和經辦機構管理制度；制定征地方案中被征地農民社會保障措施的審核辦法。
(二十二)社會保險基金監督辦公室
制定社會保險及其補充保險基金的監管制度；依法監督社會保險及其補充保險基金的征繳、支付、管理和運營，組織查處重大案件；負責機關及下屬單位社會保險基金的內部審計；參與制定社會保障基金投資政策；承擔雲南省社會保障監督委員會辦公室的具體工作。
(二十三)調解仲裁管理辦公室
統籌實施勞動人事爭議調解仲裁制度，指導和協調勞動人事爭議調解仲裁工作；指導勞動人事爭議預防工作；依法組織調解重大勞動人事爭議案件；建立仲裁員資格準入制度，組織調解員和仲裁員培訓。
(24)信訪辦
負責信訪工作；處理人民來信，接待人民來訪；綜合分析反映信訪動態，開展信訪調查研究；督辦重要信訪事項，協調處理相關信訪事項。
(二十五)勞動保障監察局
制定勞動保障監察制度；組織實施勞動保障監察，依法查處和督辦重大案件；指導州(市)勞動保障監察工作；制定勞動安全監察員管理培訓制度並組織實施；協調勞動者維權工作，組織處置相關突發事件；承擔其他人力資源和社會保障監督檢查工作。
(26)外國專家辦公室(對外交流與合作辦公室)
負責外國專家管理工作並制定相關管理辦法，對引進國外技術和管理人才項目進行指導和協調；負責聘請外國專家引進項目申報和審批，管理和分配項目經費，監督項目實施；負責引進國外智力成果的示範和推廣；根據國家外國專家局的授權，負責辦理相關行政許可，頒發《外國專家證》；負責推薦國家“外國專家友誼獎”候選人，組織“蔡赟外國專家獎”的評審和獎勵工作；開展對外交流與合作。
(二十七)出國培訓管理辦公室
擬訂引進國外智力的規劃和政策，制定出國培訓管理辦法；管理、指導和協調機關、企事業單位人員出國(境)培訓；負責出國(境)培訓項目計劃和項目經費的申報，管理項目配套資金；審批因公出國培訓項目。承擔出國(境)培訓的監督檢查；負責出國(境)培訓成果的展示和推廣。
(二十八)人事部
負責雲南省公務員局機關、直屬單位的人事和機構編制工作。
黨委
負責機關、雲南省公務員局及直屬單位黨群工作。
退休人員辦公室
負責機關和雲南省公務員局退休人員工作，指導直屬單位退休人員工作。