兩者的區別在於:
1，繳費對象，靈活就業人員社保繳費對象是本地人。公司的社保繳納對象是公司所有員工。
2.繳費保險:靈活就業人員社保繳費的保險是醫療保險和養老保險。單位繳費保險涵蓋醫療、養老、工傷、生育、失業五險。
3.繳費基數:靈活就業人員繳納基本養老保險費和醫療保險費的基數為上壹年度全市職工月平均工資的60% ~ 300%，用人單位以上壹年度職工月平均工資為繳費基數。社保繳費基數壹年固定，壹年內不能變更。職工繳費基數的計算口徑要嚴格按照國家統計局6月1990 1發布的《關於工資總額構成的規定》執行。工資總額由計時工資、計件工資、獎金、津貼和補貼(出差補貼、誤餐補貼、獨生子女補貼除外)、加班工資和特殊情況下支付的工資六部分組成。新參保職工(本單位新參保職工，而非從未參保職工)以起始月工資為繳費基數。
註:以下是相關法律依據。
根據《關於本市靈活就業人員參加本市城鎮職工基本養老和醫療保險若幹問題的通知》，居住就業人員是指具有本市戶籍，男不滿60周歲、女不滿55周歲，從事合法經濟收入的個體勞動者，無雇工的個體工商戶，未在用人單位參加基本養老和醫療保險的非全日制從業人員，以及其他靈活就業人員。
靈活就業人員按規定辦理就業登記後，向戶籍所在地或居住地街道、鄉(鎮)社區事務受理服務中心申請參保，由社區事務受理服務中心代社會保險經辦機構辦理基本養老保險和醫療保險登記手續，繳納基本養老保險和醫療保險費。
靈活就業人員繳納基本養老和醫療保險費的基數為上年度全市職工月平均工資的60% ~ 300%。繳納基本養老保險費的比例為30%，繳納基本醫療保險費的比例為14%。
《社會保險費申報繳納管理規定》要求，用人單位應當為其職工辦理社會保險登記，並自用工之日起30日內申報繳納社會保險費。未辦理社會保險登記的，由社會保險經辦機構核定其應繳納的社會保險費。
條例所稱社會保險費，是指用人單位及其職工依法繳納的基本養老保險費、基本醫療保險費、工傷保險費、失業保險費和生育保險費。
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