壹般新農合報銷比例在50%-60%之間，職工醫保報銷比例可高達90%，但職工醫保起付線高於新農合。
新型農村合作醫療與職工醫療保險報銷比例差異的原因
1.經濟水平
農村地區經濟發展水平相對較低，參保人群收入普遍較低，因此新農合報銷比例相對較低。城市的職工收入相對較高，企業為職工繳納的保險費用也相應較高，因此職工醫保的報銷比例相對較高。
2.醫療資源
城市醫療資源比較豐富，醫療服務質量比較高，所以職工醫保報銷比例比較高。農村地區醫療資源相對匱乏，醫療服務質量相對較低，因此新農合報銷比例相對較低。
3.政策導向
政府對社保的投入也是影響兩者報銷比例差異的重要因素。政府對城市的社保投入比較高，所以職工醫保報銷比例比較高。在農村，政府的社會保障投入相對較低，因此新農合的報銷比例相對較低。
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法律依據:
《社會保險法》第25條
國家建立和完善城鎮居民基本醫療保險制度。城鎮居民基本醫療保險實行個人繳費和政府補貼相結合。享受最低生活保障的人員、喪失勞動能力的殘疾人、低收入家庭中60周歲以上的老年人和未成年人等。，由政府補貼。
第二十六條
職工基本醫療保險、新型農村合作醫療和城鎮居民基本醫療保險按照國家規定執行。