建設工程社會保障費由建設單位在工程開工前按工程造價中規定的費率繳納，不得減免。具體程序如下:
(1)施工單位攜帶中標通知書和招標預算到市工程社保費征收管理辦公室相應的征收點計算應繳金額，領取銀行賬單。
(2)建設單位直接向其開戶銀行辦理轉賬手續。
(3)建設工程社保費到賬後，建設單位持銀行賬單收據到市社保費征收管理辦公室相應的征收點，換取建設工程社保費預收單和《建設工程社保費繳納憑證》(作為辦理施工許可證的憑證)。
建設工程社會保障費由施工總承包企業憑《南京市社會保障費結算憑證》、《第四期建設工程社會保障費預收款單》和建設單位財務部門蓋章的《建設工程社會保障費預繳結算表》，在各項目社會保障費征收額度內按以下順序結算使用。
(1)項目開工時，項目施工人員(農民工)的工傷、大病醫療保險費由稅務征收機構直接繳納，匯繳至市社會保險基金專用賬戶；
(2)施工期間，施工企業通過其他渠道為參與工程施工的各類從業人員辦理社會保險的，可憑社會保險登記證申請結算，並按實名制管理按照壹定比例撥付資金給施工企業；
(3)工程竣工驗收後，上述社會保險費用余額及銀行活期利息由征管機構壹次性撥付給施工企業。
為確認施工企業結算建設工程社保費的主體資格，協助施工企業加強建設工程社保費結算管理，南京市所有施工企業必須向市工程社保費征收管理辦公室申請辦理建設工程社保費結算憑證，作為施工企業結算和退還建設工程社保費的必備材料。申請南京市建設工程社會保障費用結算憑證時，需提供以下材料:《南京市建設工程社會保障費用結算憑證申請登記表》(可網上下載)，投標企業的營業執照、稅務登記證、組織機構代碼證，需提交原件。
工程竣工後，施工總承包單位辦理社保費竣工結算手續，應攜帶以下材料:(1)南京市建築社保費結算憑證；(2)南京建設工程社會保障費預收單第四聯原件；(3)建設工程社會保障費預繳情況表(加蓋財務專用章，可網上下載)；(4)《南京市建設工程社會保障費用結算申請書》(加蓋法人單位公章，可網上下載)；(5)工程竣工驗收記錄(原件及復印件)。
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