1，繳費比例。根據建設部、財政部、中國人民銀行《關於住房公積金管理若幹具體問題的指導意見》(建基改[2005]5號)，設區的市(主要是地級市)單位和職工最低繳存比例不低於5%，原則上不高於12%(總繳存比例為10%至24%)。也就是說，住房公積金繳存比例只有壹個最低限額，上不封頂。但《財政部國家稅務總局關於基本養老保險、基本醫療保險、失業保險和住房公積金有關個人所得稅政策的通知》(財稅[2006]10號)規定，單位和個人實際繳納的住房公積金，允許在職工上年度月平均工資12%的範圍內，從個人應納稅所得額中扣除。單位和個人繳存的住房公積金超過上述規定比例的部分，並入個人當期工資、薪金所得，征收個人所得稅。也就是說，單位為個人繳納或者個人繳納超過12%的部分，將計入個人的工資薪金所得，按規定繳納個人所得稅。比如上海目前普通公積金的繳存比例是職工和企業繳納工資總額的7%，如果有補充公積金，比例是工資總額的8%。兩項相加，單向存款最高金額為15%。如果12%以內的部分可以免稅，那麽超過3%的部分需要繳納個人所得稅。
需要指出的是，根據《住房公積金管理條例》規定，繳存住房公積金確有困難的單位，經本單位職工代表大會或者工會討論通過，住房公積金管理中心審核，住房公積金管理委員會批準，可以降低繳存比例或者緩繳；單位經濟效益好轉後，提高繳存比例或延期補繳。
2.支付基數。根據《住房公積金管理條例》規定，職工住房公積金月繳存基數為職工本人上壹年度月平均工資。單位為職工繳存的住房公積金月繳存額為職工上壹年度月平均工資。
新員工從參加工作的第二個月開始繳納住房公積金，月繳費基數為員工當月工資。
單位新調入的職工，應當自調入職工發放工資之日起繳納住房公積金，月繳費基數為職工本人月工資。
需要指出的是，根據《建設部、財政部、中國人民銀行關於住房公積金管理若幹具體問題的指導意見》，住房公積金月繳存基數原則上不超過職工所在城市統計部門公布的上壹年度職工月平均工資的2、3倍。具體標準由各地根據實際情況確定。在這裏，原則上只能超過，也就是說還是可以超過的。對於超出部分，財政部、國家稅務總局《關於基本養老保險、基本醫療保險、失業保險和住房公積金個人所得稅政策的通知》規定，繳納住房公積金的單位和職工月平均工資超過職工所在城市上壹年度職工月平均工資3倍的，超出部分並入個人當期工資、薪金所得，征收個人所得稅。
特別提醒:職工個人繳納的住房公積金，由所在單位每月從其工資中代扣代繳。
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