1，個人在線服務系統
(1)|登錄深圳市社保局官網，選擇個人在線服務登錄；
(2)選擇醫療保險——本市參保人異地就醫；
(3)填寫個人信息，選擇定點醫療機構，提交信息，系統審核備案信息，審核成功後將備案信息上傳至國家級和省級平臺。
2、醫療保險經辦窗口
參保人可到各區、街道行政服務大廳和部分社區黨群服務中心的醫保經辦窗口提交異地就醫所需材料進行業務辦理。
在深圳社保異地就醫備案條件:
1.本市參保人在內地停留就醫和備案業務。符合下列條件之壹的可以申請:
(1)本市戶籍的被保險人長期在本市以外(不含港澳臺)工作或居住的；
(2)達到法定退休年齡的被保險人在內地居住；
(3)本市直通車企業的被保險人長期常駐國內其他城市(不含港澳臺)。
2.雙創人員跨省就醫直接結算備案業務。是指非深圳戶籍或創業，在深圳正常參保，因重大工作原因被派往國內其他城市或因故返回戶籍所在地的人員。
綜上，住院前或住院後3天內，撥打家鄉新農合咨詢電話，登記住院情況；出院後，必須由居住地街道辦事處或居委會出具居住證明。在外工作的，需要工作單位出具的工作證明；出院後，拿病歷復印件、匯總清單、住院單據、出院證明，再拿患者身份證、合作醫療證明、居住或工作證明回參合地報銷。
法律依據:
《深圳市社會醫療保險辦法》第三十八條
在本市登記的參保人員和達到法定退休年齡的參保人員在本市以外長期居住的，可以在其長期居住地選擇三家當地醫療保險定點醫療機構作為其醫療機構，並向市社會保險機構備案。
本市直通車企業參保人長期駐市外的，可在工作地選擇3家當地醫療保險定點醫療機構作為其醫療機構，並向市社會保險機構備案。
本條規定的人員屬於基本醫療保險壹類參保人員，在備案的定點醫療機構發生的醫療費用，先由本人墊付，報市社會保險機構審核報銷；屬於基本醫療保險第二、三檔參保人員，在備案的定點醫療機構發生的住院費用由本人先行支付，並報市社會保險機構審核報銷。
已辦理備案手續的參保人員在備案定點醫療機構就診後需要轉診的，由醫療機構出具轉診證明，發生的醫療費用按本條第三款規定申請審核報銷。