靈活就業人員醫療保險的報銷比例因醫院級別和醫療項目而異，具體如下:
1.住院醫療費用:壹級醫院報銷比例85%；二級醫院70%；三級醫院55%。還有說三級醫院報銷比例85%-90%，基層醫院報銷比例壹般超過90%。
2.普通門診醫療:有固定報銷額度，500元-900元不等，報銷比例50%。
3.門診慢性病醫療:起付標準為500元，報銷補助不超過50%。
4.重疾保險:有最低賠付標準，超出部分有不同的報銷比例，最高報銷金額可達30萬元。
靈活就業人員繳納醫療保險的繳費步驟如下:
1.申報登記:持本人有效身份證原件及復印件或戶口簿原件及復印件到當地社保機構申報登記。
2.繳費核實:社保經辦機構根據申報登記情況進行繳費核實，同時填寫繳費核實單。
3.繳費流程:您拿到繳費審批表後，拿著相關資料到地稅大廳繳費。
綜上所述，靈活就業人員可以直接到醫療保險費征繳機構繳納醫療保險費。
法律依據:
中華人民共和國社會保險法
第六十條
無雇工的個體工商戶、未在用人單位參加社會保險的非全日制從業人員和其他靈活就業人員，可以直接向社會保險費征繳機構繳納社會保險費。