1，發卡機構不同:農村社會保障卡是農業保險卡，由發卡機構生成並寫入其基本信息、用戶數字證書和個人基本信息，由相關管理部門寫入個人社會保險信息、勞動和民政信息及相應的各種密鑰；公司的社會保障卡為中華人民共和國社會保障卡。中華人民共和國社會保障卡是由人力資源和社會保障部統壹規劃，由各地人力資源和社會保障部門向社會發行，用於人力資源和社會保障各業務領域的集成電路卡。
2.功能不同:農村社保市民卡由個人持有，個人是農村社保的最終對象。它以個人為管理對象，存儲養老、醫療、生育等社會保險信息，以及勞動、民政等相關信息。公司的社保卡功能廣泛。持卡人不僅可以用該卡辦理求職登記和失業登記，還可以在線辦理相關勞動和社會保障事務。
3.卡種不同:農村社保市民卡選用16K字節以上的雙界面JAVA卡，遵循勞動和社會保障部相關標準和規範；卡內設置金融功能的，還應符合相關金融標準；卡中有壹個對稱的加密系統。社會保障卡采用全國統壹標準，社會保障號按照有關規定采用公民身份號碼。
法律依據:《中華人民共和國社會保險法》第五十八條。
用人單位應當自用工之日起30日內，向社會保險經辦機構申請為其職工辦理社會保險登記。未辦理社會保險登記的，由社會保險經辦機構核定其應繳納的社會保險費。
自願參加社會保險的無雇工個體工商戶、不在用人單位參加社會保險的非全日制從業人員和其他靈活就業人員，應當向社會保險經辦機構申請辦理社會保險登記。
國家建立全國統壹的個人社會保障號碼。個人社會保障號是公民的身份號碼。