1.單位經辦人員備案:首先進行CA認證(已開通人力資源和社會保障局網上服務業務的單位)，然後登錄南京市人力資源和社會保障局官網，點擊用戶登錄，進入“單位異地就醫信息備案”模塊，確認參保人員長期境外申請材料真實有效，錄入備案信息。
2.窗口備案:參保人員攜帶《長期異地居住證明》到就近的各級社保經辦機構服務窗口，選擇長期異地登記的省市信息，經辦人將信息錄入系統並上傳至省部級平臺，打印《南京市基本醫療保險異地就醫備案表》，由參保人員確認簽字，雙方各留存壹份。經辦人將“長期異地居住證明”等材料整理歸檔。