上海戶口遷入南京屬於市外遷入，需要辦理的手續如下:
證明材料:
(1)入戶申請；
(2)申請人和被申請人的戶口簿和身份證；
(3)結婚證；
(4)申請人常住戶口所在地公安派出所和鄉(鎮)的證明；
(5)當地派出所和避難所登記所在村(鎮)的證明。
辦理外省市戶口遷入本市的，應向當地公安派出所提交證明:
(1)移民的戶籍證明、準予遷入證明、居民身份證；
(2)市局、分局(縣)出具的戶籍證明；
(3)遷入戶的戶口簿；
(4)18歲以上進行口交的人的黑白照片兩張。
(5)畢業分配應持有接收單位局級以上組織人事部門的報名證明和接收單位的證明。
老年人在辦理戶籍時向子女戶籍所在地公安派出所提交的證明材料:
(1)入戶申請；
(2)戶籍所在地公安派出所出具的戶籍證明；
(三)居民戶口簿和身份證；
(四)被投靠人的戶口簿和身份證；
(五)其他相關證明。