第壹檔:參加基本醫療保險第壹檔的深圳職工，按本人月工資總額8%的標準按月繳納，其中用人單位繳納6%，個人繳納2%。
第二檔:參加基本醫療保險第二檔的深圳職工，按上年度本市職工月平均工資的0.7%繳納，其中用人單位繳納0.5%，個人繳納0.2%。
2.醫療保險費的分配是不同的。
第壹檔:參保人按8%繳納基本醫療保險費的，按月按繳費基數的5%計入個人賬戶；年滿45周歲的，按繳費基數的5.6%按月計入個人賬戶；基本醫療保險第壹檔支付的其余部分進入大病統籌基金支付本辦法規定的醫療費用。
第二檔:市社會保險機構征收的基本醫療保險二、三檔醫療保險費，按上年度本市在崗職工月平均工資的0.2%納入社區門診統籌基金，1元納入調節基金，其余納入大病統籌基金。
3.醫學咨詢的範圍不同
第壹檔:基本醫療保險第壹檔參保人到市內定點醫療機構就醫。
二級:基本醫療保險二級參保人到選定的社區衛生中心就醫，經結算醫院同意，可以到同壹結算醫院下的其他定點社區衛生中心就醫；住院和門診大病在本市定點醫療機構就醫。
基本醫療保險二級參保人門診轉診、基本醫療保險三級參保人門診轉診、住院轉診須經原結算醫院同意。轉診應逐級轉診或轉診到市內同級有專科的醫療機構，轉出醫院應向接收轉診的醫院出具轉診證明。
法律依據:《中華人民共和國社會保險法》。
第四條中華人民共和國境內的用人單位和個人應當依法繳納社會保險費，並有權查詢繳費記錄和個人權益記錄，要求社會保險經辦機構提供社會保險咨詢等相關服務。個人依法享受社會保險待遇，有權監督本單位的繳費情況。
第七十四條社會保險經辦機構通過業務經辦、統計、調查等方式獲取社會保險工作所需的數據，有關單位和個人應當及時、如實提供。
社會保險經辦機構應當及時為用人單位建立檔案，完整、準確記錄人員參加社會保險和繳費等社會保險數據，妥善保管登記申報原始憑證和繳費結算會計憑證。
社會保險經辦機構應當及時、完整、準確記錄個人為社會保險繳費情況、用人單位繳費情況以及享受社會保險待遇等個人權益記錄，並定期將個人權益記錄免費發送給本人。
用人單位和個人可以免費向社會保險經辦機構查詢、核對繳費和社會保險待遇記錄，要求社會保險經辦機構提供社會保險咨詢等相關服務。