具體流程是：1.申請人填寫相應的申請表，到當地受理窗口遞交某某市食品衛生許可證申請書；2.提交辦理食品衛生許可證的材料；3.食品衛生許可證辦理人員審批，在收到申請後五個工作日內做出是否受理決定，受理後二十個工作日內做出審批決定；4.作出準予決定後十個工作日發放食品衛生許可證。
許可證發放“地方人民政府衛生行政部門遵守本辦法，對食品生產經營者發放衛生許可證。” “食品添加劑、保健食品和新資源食品生產企業生產活動的衛生許可，由省級衛生行政部門發放衛生許可證。”2009年6月1日《食品安全法》實施停止發放衛生許可證，被“餐飲服務許可證”“食品流通許可證”“食品生產許可證”所取代。衛生部關於印發《食品衛生許可證管理辦法》的通知 ：為貫徹落實《國務院關於進壹步加強食品安全工作的決定》和《中編辦關於進壹步明確食品安全監管部門職責分工有關問題的通知》精神，進壹步規範食品衛生許可證的管理，保障衛生行政部門有效實施食品衛生監督管理，維護正常的食品生產經營秩序，保護消費者健康，我部制定了《食品衛生許可證管理辦法》。現印發給妳們，請遵照執行。