截至2012年12月底，全院***有在職職工1963人，其中：具有博士學位的192人，碩士學位412人；具有高級專業技術資格科技人員341人。學院有享受政府特殊津貼專家24人、“百千萬人才工程”國家級人選3人、“全國傑出專業技術人才”1人和“全國優秀青年科學家”1人，入選國家現代農業產業技術體系崗位科學家17人、綜合試驗站站長7人，入選省現代農業產業技術體系創新團隊首席專家3人、崗位專家23人。
百千萬人才人選：蔣宗勇、張名位、舒鼎銘
省現代農業技術體系專家：李康活、李映波、王富華、呂復兵、朱根發、徐培智、張雁、徐玉娟、張名位、宋長緒、鄭春田、蔡更元、萬忠、潘學文、邱燕萍
國家現代農業技術體系專家：蔣宗勇、廖森泰、陳棟、肖更生、易幹軍、李家賢、姚麗賢、羅國慶、林映才、舒鼎銘、馬培恰、袁沛元、歐良喜、鐘廣炎、陳景益、房伯平、胡建廣、李少雄、梁炫強、陳炳旭、朱小源、羅少波、王豐 據2015年12月科學院官網信息顯示，全院有15個科研機構。建有國家重點實驗室1個，省級重點實驗室12個，農業部重點實驗室5個，省部***建國家重點實驗室培育基地1個，廣東省公***實驗室3個，廣東省重點實驗室12個，科技部國際科技合作基地1個。
國家重點實驗室：畜禽育種國家重點實驗室
省級重點實驗室：廣東省園林花卉種質創新綜合利用重點實驗室、廣東茶樹資源創新利用重點實驗室、廣東省養分資源循環利用與耕地保育重點實驗室、廣東省蔬菜新技術研究重點實驗室、廣東省熱帶亞熱帶果樹研究重點實驗室、廣東省農作物遺傳改良重點實驗室、廣東省功能食品研究重點實驗室、廣東省果蔬深加工重點實驗室、廣東省畜禽疫病防治研究重點實驗室、廣東省植物保護新技術重點實驗室、廣東省水稻育種新技術重點實驗室、廣東省畜禽飼料研究實驗室
農業部重點實驗室：農業部農產品質量安全檢測與評價重點實驗室、農業部功能食品重點開放實驗室、農業部南亞熱帶果樹生物學與遺傳資源利用重點實驗室、農業部南方植物營養與肥料重點實驗室、農業部華南動物營養與飼料重點實驗室
省部***建國家重點實驗室培育基地：廣東省農產品加工重點實驗室
院級科研機構：水稻研究所、蔬菜研究所、植物保護研究所、作物研究所、果樹研究所、農業經濟與農村發展研究所、動物科學研究所、動物衛生研究所、蠶業與農產品加工研究所、農業資源與環境研究所、環境園藝研究所、飲用植物研究所（茶葉研究中心）、農業生物基因研究中心、農產品公***監測中心、農業科研試驗示範場 據2015年12月科學院官網信息顯示，科學院收集保存中國國內外種質資源4萬多份。建有占地2000畝的現代農業科技園區——廣東廣州國家農業科技園區，為國家級農業科技創新與集成示範基地。以省農科院為依托，省政府與中國農業科學院聯合***建中國農業科技華南創新中心，建成面積3.6萬平方米的創新大樓，購置、安裝了價值1億多元、具有國際先進水平的科研儀器設備。有國家種質資源圃6個，農業部種質資源圃2個，省市***建種質資源圃（庫）11個。
國家種質資源圃： 國家種質資源圃國家桑樹種質資源圃華南分圃國家種質廣州野生稻圃國家種質廣州甘薯圃國家茶樹種質資源圃華南分圃國家果樹種質-廣州荔枝圃國家果樹種質-廣州香蕉圃 農業部種質資源圃： 農業部種質資源圃 農業部廣州荔枝種質資源圃農業部廣州香蕉種質資源圃 據2015年12月科學院官網信息顯示，2001年以來，科學院與30個國家和地區的科技機構、國際科技組織開展了學術交流活動，先後與國際水稻所（IRRI）、國際熱帶農業中心（CIAT）、亞洲蔬菜發展研究中心（AVRDC）等26個中國國外科研機構和大學開展實質性合作。2007年，國家科技部和廣東省科技廳授牌該院為國際科技合作基地。近年來先後承辦了第三屆國際香根草大會、首屆國際花生黃曲黴和基因組大會、第二屆國際香大蕉會議、第四屆亞洲球蟲病學術研討會、優質肉雞育種國際研討會等多個國際學術會議。2010年將舉辦第五屆國際熱帶亞熱帶果樹研討會。
截至2011年12月，科學院有以下國際合作夥伴及合作領域： 合作夥伴合作領域國際水稻研究所（IRRI）
International Rice Research Institute 水稻抗性育種與栽培 美國Arizona州立大學,美國Ohio州立大學
Arizona State University, Ohio State University, USA 日本兵庫縣立中央農業技術中心
Hyogo Prefectural Technology Center for Agriculture, Forestry and Fisheries,Japan 國際半幹旱和熱帶作物研究所（ICRISAT）
International Crops Research Institute for the Semi-Arid tropic (ICRISAT) 花生抗黃曲黴育種及功能基因組研究 美國農業部農業研究局
Unite States Department of Agriculture, Agricultural Research Service (USDA-ARS) 菲律賓農業部、菲律賓華商聯、菲律賓大學
Department of Agriculture of the Philippines, Federation of Filipino-Chines Chambers of Commerce and Industry,Inc.
University of the Philippines 熱帶亞熱帶農業新品種和新技術研究與推廣 國際馬鈴薯中心（CIP）
International Potato Center 甘薯轉基因品系蟻象抗性鑒定研究 國際生物多樣性組織
Bioversity International
國際香大蕉網絡（INIBAP）
International Network for improvement of banana and plantain
國際熱帶水果網絡組織（TFNet）
1.International Tropical Fruits Network 熱帶亞熱帶果樹種質資源利用與創新 俄羅斯科學院生物發育研究所
Institute of Biology, Russian Academy of Sciences 桔小實蠅分子改造研究 哥斯達黎加熱帶農業研究和高等教育中心Costa Ricacenter of tropical agriculture research and high education 香蕉抗枯萎病新品種選育及其快繁技術示範推廣 南非STELLENBOSCH大學
STELLENBOSCHUNIVERSITY, SOUTH AFRICA 巴西國家木薯與熱帶果樹研究中心
（Cassava and Tropical Fruits,EMBRAPA） 國際熱帶農業研究所
（International Institute of Tropical Agriculture,IITA） 康奈爾大學蛋白質組學和質譜分析中心
Cornell University 馬達加斯加FRIGOTA公司
MadagascarFRIGOTA company 荔枝高產優質關鍵技術研究與示範 亞洲蔬菜研究發展中心
Asian Vegetable Research and Development Center 蔬菜病蟲持續控制 馬來西亞GREEN WORLD GENETICS SDN.BHD公司 蔬菜新品種和新技術研究與推廣 國際植物營養研究所（IPNI）
Institute of International Plant Nutrition 土壤養分系統研究法、控釋肥包膜工藝和技術研究 英國國立動物衛生研究所
Institute for Animal Health, UK 雞球蟲病研究 美國德洲A&M大學獸醫學院
College of Veterinary and Biomedicine, Texas A & M University, the USA 美國南達科達州立大學
SOUTH DAKOTA STATE UNIVERSITY,USA 動物疫病診斷和研究 美國德州農工大學
Texas A&M University. the USA 瘦肉型母豬繁殖性能的遺傳改良與營養調控研究 美國康奈爾大學
Cornell University, the USA 高溫條件下豬氧化應激產生機理及抗氧化調控技術與產品的研究開發 美國夏威夷大學熱帶農業和人力資源學院 動物及水產基礎與應用科學 美國普度大學（植保所譯）
Purdue University 紅火蟻群落生態學與防控技術 東盟國家
ASEAN 中國-東盟重大農業外來有害生物預警與防控平臺 柬埔寨農業研究與發展研究所
Cambodian Agricultural Research & Development Institute，CARDI 水稻高產安全種植關鍵技術應用與示範推廣 美國亞利桑那大學
The University of Arizona 作物雙生病毒研究 澳大利亞食品科學研究所
Food Science Australia 農產品精深加工 美國康奈爾大學農業與生命科學學院食品科學系
Department of Food Science, Cornell University 加拿大農業部Guelph食品科學研究中心
Guelph Food Research Centre of the Ministry of Agriculture, Canada 越南國家農業科學院
Vietnamese Academy of Agricultural Sciences 熱帶亞熱帶農業新品種和新技術研究與推廣