運營分公司是福州市地鐵有限公司的子公司，主要負責福州市內地鐵線路的運營管理、客運服務、列車運行組織、車輛及運營系統設備的維護檢修等工作。地鐵開通運營前，運營分公司主要負責運營前期的準備工作，包括運營組織架構和人員的準備、運營管理體系和安全保障體系的建立、運營規章制度和管理文本的編制、新線單系統調試的協調、試運行的組織等。開通運營後，運營分公司的主要工作是承擔地鐵運營的客運服務、票務收入、設施維護、保養等日常管理工作。
福州地鐵運營以“貼心服務，壹路溫暖”的服務理念，致力於做優、做強、做優，以提升經濟發展、改善市民出行、提高市民生活品質為己任，以拓展城市空間、改善地面環境、緩解交通狀況為目標，努力創造更好的社會效益、經濟效益和環境效益。
運營分公司下設車輛服務中心、車輛中心、維修中心三個中心，人力資源部、財務部、安全技術部、物資裝備部、企業管理部、綜合部六個職能部門。經過前期的籌備運營，福州地鐵初步構建了運營組織架構，建立健全了運營管理體系，培養和儲備了運營專業人才梯隊，為後期地鐵運營提供了堅實的基礎。1年來，運營分公司壹直從事各崗位人員的招聘和培訓工作，全面推進分公司的制度建設。
截至2015年初，運營分公司通過委托、校招、公開招聘招聘1455人，已在崗572人，其中管理人員、技術骨幹180人，委托、校招招聘392人。公司建立了較為系統的內部培訓體系，編寫了《城市軌道交通控制中心與交通組織》、《主要運營指標與計算》、《機電設備介紹》、《信號設備功能介紹》、《AFC系統培訓》、《供電設備功能介紹》、《工業與建築設備功能介紹》等教材。，由公司內部講師授課6到8個月。同時委托上海申通地鐵培訓中心、廣州軌道交通培訓學院對即將走上調度、司機、站務、變電維修、接觸網維修、通信、信號維修、車輛維修、AFC維修、機電維修、軌道線路維修、房建維修等壹線崗位的員工(503人次)進行為期3至10個月的理論和在崗實操培訓。同時還安排各崗位人員參加了28個特殊工種的取證培訓和考試(涵蓋高低壓電氣作業、熔焊和熱切割作業、汽車維修、起重機械電氣安裝與維修、叉車司機等。).在制度建設方面，作業分公司先後出臺了53項管理、安全生產、技術、規章制度，明確了二級單位的組織架構和崗位職責。
近期正全力推進福州地鐵1線交通組織規則、1線南段運營準備重點工作總體方案、地鐵票價方案、運營電價申請方案等。、以及新店車輛基地綜合辦公樓、司機公寓、培訓樓等項目的預驗收。同時，正在通過公開招標、競爭性談判等方式確定員工食堂、保安、物業管理、保潔等各類外包服務單位，為新車輛基地的進駐做前期準備。
公司經營範圍包括:地鐵和城市(城際)軌道交通系統工程的運營管理、設計、規劃和建設；軌道交通系統設備和材料的租賃和銷售；基礎設施和公共設施項目的工程建設管理、招標和技術服務；利用地鐵和城市(城際)軌道交通資源的商業項目的規劃、開發和管理；各種國內廣告的設計、制作和發布。