主要負責省內重癥肺結核、耐藥肺結核和復雜肺結核並發癥的診治；內外科、介入治療、放射治療及常見內外科疾病的診治，如胸部腫瘤、縱隔、消化道、心血管疾病及其他呼吸系統疾病，並建立了符合歐盟標準的I期藥物臨床試驗基地。結核和胸外科是安徽省臨床重點學科。腫瘤科是省級臨床專科；呼吸科是安徽省“十三五”醫療衛生重點傳統優勢學科。介入肺部疾病科和在原放射介入科基礎上建立的放射介入微創診療中心都是我院最具特色的重點專科。此外，我院擁有預防醫學省級重點學科(結核病防治)1個，重點實驗室(結核病參考實驗室)1個。
設有急診內科、結核科、心胸外科、胸外科、普外科、內科、心血管內科、呼吸內科、腫瘤科、腫瘤放療科、放射介入科、肺病介入科、體檢中心、手術室、麻醉科、微波治療室、肺功能檢測室、b超室、心電圖室、醫學影像科、病理科、臨床檢驗中心等臨床和醫療科室。