因為我們向來不善於做學生，加之有販賣“管理哲學”的商人鼓噪謀利，所以有必要深入分析，祛除種種迷思，才不至於陷入修身心茫然、治企無長策的困頓，同時也讓阿米巴經營淪為“妳方唱罷我登場”的又壹管理時尚。
誤解壹：
輕物質激勵
在那些言必稱稻盛哲學的“牧師”吹捧下，稻盛和夫儼然“博施於民，而能濟眾”，“何事於仁，必也聖乎！”稻盛和夫也多次表達反對“成果主義”，如“業績出色的阿米巴不會在公司內趾高氣揚，也不可能獲得高額獎勵，取而代之的是得到夥伴們的贊譽與感謝等精神上的榮譽”，很容易讓人誤會阿米巴經營輕物質激勵。
首先，阿米巴的核算，經費支出並不包括阿米巴成員的工資（勞務費），“勞務費的金額是根據公司的招聘方針及人事、總務的相關方針而決定的”，換言之，就是按勞動力市場價格和公司的需求而定，這就防止了阿米巴領導為了提高“單位時間附加價值”而克扣工人薪金。
其次，阿米巴的績效並非與阿米巴成員的收入毫無關系。“日本民族是壹個同質的民族，擁有強烈的隨大流的中庸意識，所以人們對於差距很大的報酬和待遇會產生很大的抵觸心理”，但“也不能把所有員工的待遇壹視同仁”，陷入“惡性的平等”。比如，單位時間附加價值達到3000日元，支付了每小時1000日元的勞務費，公司尚有2000日元利潤；如果勞務費是每小時3000日元，其單位附加價值的目標應為6000日元。反過來，單位附加值為6000日元和3000 日元的勞務費當然是不壹樣的。
第三，“阿米巴經營雖然不會因為壹時的成就而拉大個人薪酬的差距，但對於為了大家不遺余力地勤奮工作，能持續提升業績的員工，會正確地評價其能力，會在加薪、嘉獎和晉升等待遇中反映出來。”這與德魯克的觀察相容，“日本的組織也像西方的任何組織那樣有著很高的要求，甚至競爭更為激烈。績效不佳或者平庸的人並不被解雇，但很快就會讓他靠邊站了，給他安排壹個實際上‘無關痛癢的工作’。他本人和組織都知道這壹點。而且，雖然每個人都按照年資而增加工資和提高職銜，但到了45歲左右的時候就要算總賬了，有極少數的人被提升為公司董事，而其他的許多人則將在10年後退下來。”
第四，稻盛和夫顯然深知物質刺激的有效性，並且甚為慷慨。曾經，他要求“瞄準月銷售10億日元。達成，全員去香港旅遊；否則，全員去寺廟修行”，結果大家包機去香港旅遊。20世紀70年代石油危機時，稻盛和夫說服工會凍結加薪；壹年半後（1975年），景氣恢復，當年夏季獎在工會要求的基礎上，稻盛和夫又多加了壹個月獎金；1976年3月，又另外支付了壹個月的臨時獎金。
“經營十二條”之首便是“經營者必須為員工物、心兩面的幸福殫精竭慮、傾盡全力，必須超脫私心，讓企業擁有大義名分”。這足可為那些避談金錢而高談闊論員工忠誠、高昂士氣、盡心盡力、說到做到的企業主為戒。
誤解二：
阿米巴=利潤中心
壹看到“獨立核算”，就容易想到事業部制、利潤中心。但是，二者有較大差異。
典型的利潤中心，壹般在原材料采購、產品開發、制造、銷售、人事管理、流動資金使用等方面享有高度的獨立性和自主權，能夠編制獨立的利潤表，並以其盈虧金額來評估其經營績效，是真正的“諸侯”。阿米巴作為壹種基層組織，其細分的程度可以到工序、產品種類。京瓷六萬余名員工，被分為三千多阿米巴，平均每個阿米巴二十余人。在其上還有課、事業部等，因此權力的當量本身非常小。即使某個阿米巴“經營”不善，也不足以影響大局，盡管這種行為並不被允許。
其次，阿米巴在人事管理方面的權力非常有限。如前所述，阿米巴核算的“單位時間附加價值”（即勞務費+公司利潤）必須大於人力成本，但勞務費是由阿米巴領導以外的因素決定的，上級享有指派人員的權力，否則，阿米巴領導就可能為了提高“單位時間附加價值”而拒絕工資較高的人進入阿米巴。阿米巴在雇傭臨時工（因其勞動不計入總時間，其費用計入經費）方面也不具有隨意性，必須申報上級批準。現在，京瓷等針對制造和銷售的課級以上組織制作了包含勞務費的損益表，計算出稅前利潤，將其作為綜合性的核算管理資料。
第三，阿米巴領導只有得到上司認可後才能負責經營，其權限包括制定經營計劃、業績管理、勞務管理、資材訂貨等，根據銷售目標、生產目標、經費支出目標的實際情況，比對必須完成的計劃，隨時采取必要的措施。但是，阿米巴領導制定計劃的前提是尊重公司高層制定的年度計劃（Master Plan）和事業部的年度計劃，必須與其壹致。
第四，在業績管理方面，阿米巴領導在定價權方面受到多方制約，並不能簡單地追求本阿米巴核算指標最大化。各道工序之間的售價，首先要從銷售給客戶的售價進行倒推，按“利潤=售價-經費”而非“售價=利潤+經費”（成本加成）定價；其次，“應該由熟悉各阿米巴工作的經營高層，以社會常識為依據準確地評價阿米巴所需的經費支出和勞動力，並公平地決定相應的售價”，例如銷售傭金就被確定為10%。當產品市場價格必須降低時，內部購銷價格也必須下調，“以利他之心，考慮公司整體的和諧來行動”，這種行動必須要進行史無前例的成本削減。換言之，價格降低，但“提高核算”的原則不能打折。
誤解三：
無為而治
阿米巴經營的目的，常讓人想起壹個虛無縹緲的夢想——無為而治。壹旦所有員工都擁有經營者意識，克己奮鬥，經營高層似可“我無為而民自化，我好靜而民自正，我無事而民自富，我無欲而民自樸”。“阿米巴經營要求事業部長等高管必須身先士卒，付出成倍於他人的努力。”如果學習阿米巴經營旨在激勵員工“付出不亞於任何人的努力”，實屬南轅北轍。那麽，經營高層的主要職責是什麽？
首先，定價是壹門高深的學問，也是領導們的必修課和必須專有的特權。領導者必須對銷售員收集來的信息進行徹底的分析，在準確掌握市場和競爭對手動向的基礎上，正確認識自家產品的價值，然後定價。定價是決定經營成敗的關鍵，領導必須全神貫註。領導在定價時，必須同時考慮降低成本的辦法，還必須當即指示制造部門毅然決然地進行成本削減，指出降低成本的辦法。
其次，制定Master Plan。它是根據公司的整體方針和各個事業部的方針與目標，通過反復而周密的模擬制定出來。Master Plan必須用具體的數字來設定目標。盡管經營者向全體成員公開經營現狀，“用經營理念和信息***享提高員工的經營者意識”，但自上而下的目標設置，並不必然有自下而上的響應。對於不合期望的阿米巴計劃，事業部長必須“傳達自己強烈的願望”，讓相關阿米巴修改，“直至最終數據讓雙方都能接受”。
第三，某個環節出現問題時，高層應立即親赴現場、坐鎮指揮，親自走訪客戶，視察現場，隨身攜帶核算表，“壹有空閑就拿出來研究”。有時還要訓斥某位倔強、大嗓門的阿米巴領導者：“為什麽妳只顧自己而不考慮對方？有這種自私想法的人，沒有資格當領導！”當阿米巴之間有利益沖突不能協調時，在傾聽雙方的主張後，然後做出能被雙方接受並服從的裁定。
第四，不厭其煩地兜售理念和夢想。稻盛和夫剛剛創業時，就向28名員工灌輸卓越、第壹的夢想，“我曉得我的話並無足夠說服力，但是朝也說晚也說，壹遍又壹遍，反復倡導間，員工們，我自己，不知何時起，竟信了。而且朝著那目標，眾誌成城，不惜壹切努力去實現。”當然，“身先士卒”的身教重於言傳。
誤解四：
信任基於善意
“從公司高層到阿米巴成員，必須用信任的紐帶連接起來。”如果相互信任是阿米巴經營的必要條件，那麽這種信任又具有何種特點呢？
首先，對上級而言，下屬並不是完全值得信賴的（trustworthy，包含能力、正直、壹致性、忠誠等）。壹方面，阿米巴經營需要較多具有經營意識的阿米巴領導，所以有時候不得不暫時遵循“彼得原理”，把暫時並不能勝任的人拔擢至阿米巴領導位置上，同時給予指導、監督；另壹方面，“不能完全放權給現場”，否則“公司是不可能得到發展的”，不當甩手掌櫃，固然是對經營高層“勤政”的壹個要求，卻也彰顯出對下級信任度不夠，其根源可能是能力不足，也可能是不夠正直、偶爾混亂、欠忠誠。
其次，上司是否必須百分百為下屬信任？理想中當然如是，公正如“大岡裁決”。如果領導者並不真正認為“為了員工幸福”是自己的使命，阿米巴經營能否繼續？人格修煉是漸進的，而且往往是在與誘惑、懈怠作鬥爭中實現的。謹持“至誠”的稻盛和夫在自量“人格理念”打分60~70，即使出於謙遜，也大概自知有所不逮。所以，領導者並不必然表現出被完全信任的特質，關鍵在於制度的約束。