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河源市教育局是由幾個職能部門組成的教育部門。職能部門由辦公室、計劃財務部、基礎教育處、監察處、德育處、職業與成人教育處、人事處、招生考試處、教研室、教學設備站、勤工儉學處組成。
(1)辦公室(行政審批科)。綜合協調局機關政務和事務。負責文電、會議、機要、檔案等局機關的日常運作。承辦信息、保密、信訪、政務公開、新聞宣傳等工作。承擔局機關的安全、後勤等社會事務。組織制定教育發展規劃和實施措施。組織制定本部門行政審批的依據、程序、業務流程、審核標準和規則。按照規定權限，承擔行政審批事項的統壹受理和反饋工作。組織協調行政審批的延續、轉移和發證工作。
(二)基建財務部(市學生中心)。管理市政教育基金。檢查縣教育經費的分配情況。負責本市教育經費的統計和分析。負責指導和檢查全市教育收費管理工作。指導學校的基本建設和校舍安全工作。負責學校直屬國有資產處置、產權登記申請、非經營性資產轉經營性資產、校辦企業國有資產產權登記、變更和註銷。負責市屬學校的財務檢查。負責全市教育系統基建年報和財務年報的統計工作。負責全市教育基礎信息的統計、分析和發布。負責全市各級各類學校的學生資助、獎學金工作，協調發展國家助學貸款。
(3)基礎教育科(市語言文字工作委員會辦公室)。普通高中、九年義務教育、學前教育和特殊教育綜合管理。指導和組織實施基礎教育的學制、課程計劃和學籍管理。引導學校對青少年開展民族團結教育、環境保護教育、科技素質教育等專項教育。負責民辦教育機構和校外教育機構的管理。承擔市語言文字工作委員會的日常工作，指導學校和社會的語言文字規範化工作。負責中小學教材教輔管理，組織審定中小學地方課程教材、教學用書和教材。
(4)職業和成人教育科。統籌管理高等、中等職業技術教育和高等、中等成人教育，成人文化技術教育和社區教育。組織對職業和成人教育機構的教育質量和辦學水平進行評估。指導和協調成人非學歷教育和培訓。引導社會力量舉辦職業教育和社會文化教育，指導和組織實施終身教育。負責中等職業學校教材教輔的管理。
(5)道德教育。指導全市中小學德育工作。協助有關部門指導德育基礎設施建設、青少年校外活動場所建設和校外教育。規劃和指導各級各類學校的思想政治工作隊伍建設、校園文化建設、精神文明建設、文明學校建設、隊伍建設和禁毒教育工作。承擔省、市三好學生、優秀學生幹部、先進班集體的評選和審定工作。承擔市關工委的日常事務和相關聯絡工作。負責教育系統文明創建、思想政治和意識形態工作。承擔市未成年人思想道德建設領導小組辦公室的日常工作。
(6)體育衛生與藝術教育科。管理中小學體育健康教育教學，制定並實施學校體育健康藝術工作計劃。指導學校的體育、衛生與健康教育、藝術教育。指導中小學校和學生開展體育競賽、藝術教育等交流活動，指導學校開展國防教育和組織學生軍訓。協助有關部門指導學校體育、衛生、藝術教育的基礎設施建設。
(7)人事科(審計局)。負責局機關和全市教育系統的人事管理工作。負責局機關及直屬單位工會、婦女、計劃生育、勞動工資等工作。指導市屬學校內部人事管理和機構設置。負責全市學校教師隊伍建設、教師的各類評比和資格認定以及《教師資格條例》的實施。配合有關部門做好教師專業技術資格評審工作。組織和指導教師的教學工作。負責局機關和直屬單位的審計工作。
(8)教育督導科。擬訂本市教育督導評估的規章制度和指標體系。對縣級政府及相關職能部門履行教育職責情況進行監督檢查，對全市教育發展和質量進行評估監測。監督、檢查學校及其他教育機構的教育教學工作。對本市義務教育均衡發展進行監督檢查。保證素質教育的實施和教育目標的實現。