辦理國務院全體會議、國務院常務會議等會議，以及國務院領導同誌內部事務、政府信息公開、消息收發操作和國徽印章管理、信息、檔案、公文核驗、文字印刷、機要通信和機要文件交流、辦公保密、國務院公報和國務院大事記編輯等工作。
(2)秘書二局。
負責發展改革、工業和信息化、財政、人力資源和社會保障、國土資源、環境保護、住房和城鄉建設、交通運輸、鐵路、水利、農業、商務、銀行、審計、國有資產監管、海關、稅務、工商管理、質量監督、檢驗檢疫、統計、林業、旅遊、氣象、證券、保險、電力監管等工作。
(3)秘書三局。
辦理教育、科技、國防、外事、政法、民族、監察、機構編制、民政、文化、衛生、人口和計劃生育、廣播電視、新聞出版、體育、知識產權、宗教、參事、機關事務管理、港澳臺僑、法制、地震、自然科學基金、婦女兒童、殘疾人等方面的文電、會議、督查和調研工作。聯系人大、政協、軍隊、宣傳、統戰等工作。承擔全國科技教育領導小組的日常工作。
(4)國務院應急管理辦公室(國務院總值班室)。
負責國務院值班工作，及時報告重要信息，傳達和督促落實國務院領導同誌的指示；組織應急預案體系建設，協助國務院領導同誌做好應急處置工作；辦理國務院有關安全生產、信訪和應急管理的專題信息、會議、督查和調研。
(5)監理室。
組織開展重大專項檢查，承擔與中央有關部門聯合開展的檢查；組織制定國務院辦公廳督查制度和工作計劃，指導和協調國務院辦公廳有關部門的經常性督查工作。
(6)電子政務辦公室。
負責國務院領導同誌辦公室和機關的政務信息規劃、建設、技術和安全，以及中南海北區相關會議和活動的多媒體技術服務；組織中央政府門戶網站的建設、運行管理和內容保障；負責連接國務院辦公廳與各省、自治區、直轄市人民政府和國務院各部門的計算機網絡的建設和管理。
(7)人事部門。
負責人事管理、機構編制、教育培訓、外事工作。
(8)行政部。
負責國務院領導同誌服務事務和機關後勤管理工作。
(九)財政所(副局級)。
負責財務和國有資產管理；制定政府采購相關制度，承擔政府采購計劃和合同的審批，監督政府采購的實施。
機關黨委負責機關的黨群工作。
老幹部局負責機關離退休幹部工作。